1.8 traj-ana-mmgbsa

3cl 

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/mmgbsa/

轨迹处理

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/periodic-processing
# 原始轨迹是从4090 scp 过来的，前6个跑了200ns，后7个是100ns
# 本次轨迹处理统一截取到100ns
echo 18 | gmx_mpi trjconv -s ${datadir}/${sys}/${i}/md.tpr -f ${datadir}/${sys}/${i}/md.xtc -n index.ndx -o pbc${i}.xtc -e 100000.000 -pbc mol -ur compact


# 要 source 两个环境
source ~/.cpptraj-20240813.OMP.sh
source ~/.gmx2022.5-remd.sh


(base) [dddc@localhost periodic-processing]$ nohup bash periodic-process-gpt.sh &
[1] 48889


# 2025-1-10 发现轨迹存在问题
# 二聚体处理轨迹的时候 -pbc mol 几乎没用
# 经过测试 -pbc nojump 处理后轨迹就正常多了
# 15：31 提交测试
echo 18|gmx_mpi trjconv -s /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/100ns-cmd/${sys}/1/md.tpr -f /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/100ns-cmd/${sys}/1/md.xtc -n ../../$sys/index.ndx -o ${sys}-nojump-ur_compact.xtc -pbc nojump -ur compact


(echo '1'; echo '18')|gmx_mpi trjconv -s /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/100ns-cmd/${sys}/1/md.tpr -f ${sys}-nojump-ur_compact.xtc -n ../../$sys/index.ndx -o check-${sys}.gro -fit rot+trans -skip 1000


# 15：52 重新提交 这个思路下的轨迹处理脚本，加入了输出可视化的板块
# 稍后检查 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/periodic-processing/vis-check

准备拓扑文件

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/topology
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../sys-pre/tleap/$i/*prmtop ./$i;done

mmgbsa

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/analysis/mmgbsa/workdir
(base) [dddc@localhost workdir]$ nohup bash mmgbsa-cal.sh &
[1] 95211