Amber24/Ambertool24安装
主要说明：
1.ambertool可以由conda ambertool提供（conda install -c conda-forge dacase：：ambertools-dac=25)。但是为了方便，先安装本地编译程序，安不上再说环境。
2.amber依赖项：
apt -y update
apt -y install tcsh make \
gcc gfortran \
flex bison patch bc wget \
xorg-dev libz-dev libbz2-dev
安装之前先确认一下，然后cmake还不能是环境中的
75.4：
tar xvfj ambertools25.tar.bz2
tar xvfj pmemd24.tar.bz2
产生安装包路径：/home/dddc/software/ambertool25 &&amber24
依赖检查：
1.whereis cmake: /usr/share/cmake，但是不在环境变量中，加入环境变量：
export PATH="/usr/share/cmake/bin:$PATH" ##临时加入
echo 'export PATH="/usr/share/cmake/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc # 永久加入
然而cmake还是没反应，/usr/share/cmake中的不能用
2.which make: /usr/bin/make
3.tcsh没得,环境可以,可以了
4.which gcc:/usr/bin/gcc
5.gfortran没得，环境可以，可以了
6.flex 没得,bison没得，环境可以，可以了
7.which patch:/usr/bin/patch
8.which bc:/usr/bin/bc
9.which wget:/usr/bin/wget
10.xorg-dev没得,libz-dev libbz2-dev都没得,可以了
##确认一下除了cmake，其他是不是可以用conda环境解决,好吧，xorg-dev,libbz2-dev，libz-dev依赖环境没有可用的，只能系统级安装。
更新命令：update_amber/ pmemd skip（这个命令只管更新源码，还得重新编译的）
吐槽下，amber不支持12.9的cuda
需不需要MPI呢，
而且还需要 numpy，scipy，matplotlib,setuptools（Ambertool环境）
理论上，12.*版本的编译架构参数没有大的差距，小版本差别不大。管他的~/cmake/CudaConfig.cmake中的12.7直接改成12.9，然后把12.9的检查条件去掉了。
编译完成，注意现在安装的是CUDA（12.9），没MPI，nominiconda，保留test的编译版本，详情请见./run_cmake
make install
然后add ~/.bashrc source **/amber.sh
测试通过：Test log file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-10_21-05-20.log
Test diffs file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-10_21-05-20.diff
75.5:直接用75.4的文件，完成。
测试：
208 file comparisons passed
3 file comparisons failed (3 of which can be ignored)
0 tests experienced errors
Test log file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-11_11-51-42.log
Test diffs file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-11_11-51-42.diff
make[1]: 离开目录“/home/dddc/software/pmemd24/test”
75.4：直接用75.4的文件,编译完成
测试完成：
208 file comparisons passed
3 file comparisons failed (3 of which can be ignored)
0 tests experienced errors
Test log file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-11_11-59-40.log
Test diffs file saved as /home/dddc/software/pmemd24/logs/test_amber_serial/2025-11-11_11-59-40.diff
make[1]: 离开目录“/home/dddc/software/pmemd24/test”