Octave的KL/MI运行测试

环境：75.4：Allocraft（python3.12，octave,biopython)

路径：75.4：/gxxu/Allocraft

安装pakages：

For information about changes from previous versions of the bioinfo package, run 'news bioinfo'.

addpath('.../src')

addpath('.../util')

addpath('.../alloPathCalc')

savepath

开始调试：

修改input_md2path,input_kldiv

第一个错误：Database.m中的findResidue/findFeature中的,移除arguments块，用inputParser代替or if nargin

第二个错误：Entry的getAtoms,addSimulation,computeContacts都是用的arguments块，用inputParser修改。

第三个错误：忘了pkg load bioinfo

第四个错误：pdbread,matlab中应该是readpdb，现在bioinfo中式pdbread.m,然后pdbread返回的是结构体，需要修改Entry.m和import_align_traj.m,从结构体中提取内容//傻逼了，MDprot呢？？

addpath(genpath('...MDprot'))

savepath

第五个错误：又到aminolookup输入的错误，要转化问题三个字母氨基酸并且是Pro，而不是PRO,而且要过滤掉所有不是三字母代码，还有aminolookup返回值类型问题

第六个错误：chain.m出现同样的arguments错误，format_Residues

第七个错误：octave不支持string，然后fetch输入的pdbCode和url拼接有问题。

第八个错误：fetch中的websave在octave中没有实现，替换成urload+fwrite

第九个错误：multialign，用octave兼容的渐进式对比不行，还是调用python的biopython，感觉要放弃了。

果断放弃

------------------------------------------------------------以上是75.4上的测试-------------------------------------------------

错误：

1.语法不兼容点：Database,arguments关键字的使用,Entry中也有这个问题：

inputParser代替arguments

前面是Database出现了这个问题

2.bioinfo问题，安装生信包：

先设置源：setenv('OCTAVE_PKG_DOWNLOAD_SITE','源‘）

pkg install -forge bioinfo

×然后pkg load bioinfo,或者直接把matlab的bioinformatics的包拿过来,

先把aminolookup拿到 bioinfo中 ×

然后把convertStringsToChars改掉了，Octave不兼容

现在修改MDprot中的pdb2seq,tmp/下保留了pdb2seq的原本

问题出在octave.bioinfo中的aminolookup，输入要求Pro，而不是PRO，并且返回的是字符数组而不是Cell数组。

Octave不支持string（），用char代替，Database.m中的26-27行。

Octave bioinfo少了multialign.m，从matlab中偷过来了，偷过来不管用

修改util/alignSequences.m的multialign调用的地方，不行

现在的解决方法是写个multialign方法，调用python.biopython中的多序列对齐代码，然后放到util中，然后供alignSequences调用