D3Pockets2.0使用说明

版本号：2.7.4

环境依赖：python3.12,conda install  "jaxlib=*=*cuda*" jax -c conda-forge/pip install -U "jax[cuda13]",pip  install -U  "jax[cuda13]"，cuml(顺序很重要）,cuml,pymol,numpy,scipy,matplotlib,cuda-python,cupy,mdtraj,scikit-learn,networkx,statsmodels,pywavelets,pyvista,seaborn,LK_Info_Flow,biopython,nifty(pip  install --user  'nifty[re]',最先安装)，numpy-stl,alphashape，netCDF4，rdkit,imageio,plotly,  fastplotlib，vtk

-----------------------------------***Pockets任务***------------------------------------------------------

使用示例：

python main.py -t Pockets \

-s [研究体系名称] \

-o [输出目录] \

-p [蛋白体系拓扑输入] \

-j [模拟轨迹输入] \                                  ##可以为空，那就是静态蛋白/单帧

-l [日志输出目录] \                                  ##日志默认名称Pockets_[-s]_timestamp.log

-g [gpu_id，逗号分隔] \

-r [残基范围] \                                           ##暂时不建议使用

--batchsize [每个轮次处理帧数] \            ## 每轮处理帧数过高会导致内存/显存饱满

--save-traj [输出格式：xtc 或者ncf ]       ##每个口袋对应的蛋白构象空间

--top-n [稳定口袋 top数]                          ##前几个稳定的口袋

输出文件格式：

pocket.pdb                                                ##口袋文件，多构象

topology.pdb                                            ## 蛋白拓扑文件

pocket_protein.pdb                                ##口袋对应的蛋白的构象空间

！！！重要说明：输入轨迹一定要对齐！！！

！！！大蛋白建议sradius<2 ,小蛋白建议sradius>2 ！！！

-------------------------***Pocket Volume任务***-----------------------------------------------------

python main.py -t PktVolume \

--pkt  [新口袋文件:**.pdb] \

--volmethod  [口袋体积计算方法:alphashape,convex_hull]               ##alphashape体积< convex_hull，凸包算法总是大于实际体积，目前仅支持两种算法

------------------------***Pocket Relation任务***-----------------------------------------------------

python main.py -t PktRelation\

--pkt  [口袋文件1：**.pdb] \

--rpkt  [参考口袋文件2：**.pdb] \

------------------------***FTAP任务***---------------------------------------------------------------------

python main.py -t FTAP \

-p [蛋白拓扑：*.pdb]                                                                 ##同上

-j [轨迹：*.xtc/.nc]                                                                     ##同上

-o [输出目录]

-s [体系名称]

-l [日志目录]

--diff                                                                                            ##采用差分，建议采用

--kl-iter [变分推断最大轮次]                                                    ##变分推断最大轮次

--helmholtz                                                                                ##对场采用亥姆霍兹分解

--topology                                                                                   ##生成场拓扑

--topology-resolution [场拓扑分辨率]                                   

--divergence                                                                                 ##计算残基散度

--filter                                                                                  ##采用信号滤波，暂时不建议