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金属配位化合物对接
Glide
使用Glide对接含金属的配体分子.docx
How do I dock ligands that contain metals with Glide? | Schrödinger (schrodinger.com)
只有金属为0价,并且配位原子个数不能超过金属本身电荷数时才能正常ligpre,并且有些体系即使通过了ligpre,也不能生成对接构象(原因未知)
Gold
对于电荷的处理很粗糙,难以解决金属离子给定电荷的情况
所以不管我们在准备配体的时候给不给电荷,它都用不上(smina也是一样的)
Autodock
可根据自己给定的partial charge进行对接处理,具体流程见Autodock的教程
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