一些教程或工具
蛋白质表-还比较清楚的:
对接：
smina对接
（见对接教程）
glide-sp/xp等
（见对接教程）
共价对接：
RDKIT
（还没试）
smiles-分子语言
序列比对和rmsd
当两条蛋白质序列的相似度大于30%时，他们的三级结构以及生物学功能也可推测为很接近的。
序列比对（蛋白序列blast）：
D3POCKET 服务器使用：
23服务器可以
D3CARP（teakki上教程）
服务器上操作：
lrt:
另外75.3上也有similarity
USAGE: sh ${absolute_path}/1-Ligand_Similarity_2D_TP.sh -l [ligand](sdf, mol2, mol or smi) -f [fingerprint](FP2, FP4, or MACCS) -d [cutoff] -c [cpu]
激活环境-rdkit
cp /home/dddc/ydn/d3carp-similarty/1-Ligand_Similarity_2D_TP.sh ./
75.1上面也有similarity,环境rdkit_y，用法一样
hzj:
d3ai-TP-其他服务器上
药物靶点：
小分子靶点预测
GROMACS-常规MD
zotero教程：
decoys
DUD-E
对小分子生成decoys（50个）可用的网站（生成的是smiles格式，发送到你的邮箱一个压缩包），有时候可能会不发送，过段时间就好了：
还有其他方法待补充……
蛋白-配体2D相互作用工具汇总
protein plus（网页版）：可以看二维相互作用ligplot
ligplot（需下载软件）：
应该是每年会过期一次需要重新搞licence或者下载
分子对接 二维可视化软件 ligplot 的下载安装与使用 链接：https://pan.baidu.com/s/1483MhfehugI8u0lNqRtu1Q_哔哩哔哩_bilibili
修改好路径为下面的可链接到pymol
pymol+ppt作图教程：
ppt保存高分辨率图片
方法1：
方法2：
插件iside
安装后可在ppt直接保存导出多张图片
pymol观察氢键：
选中小分子配体后
或者
氨基酸突变
deepurpose
python画图
待看
plt.savefig('my_plot.png')
安装vscode
挺详细的
中断脚本：
调出终端：
集合相似性：
配置pytorch_gpu
师姐：
在75.1 4090上装一直报错可能是conda问题，之前安装没有问题
github
必须和git建立连接吗？可能是有两种上传方法：直接通过官网和借助git
endnote下载安装
小红书教程：（国科大版-需要中国科技云账号）
55 🍊橘狸（生信、数据分析学习中）发布了一篇小红书笔记，快来看吧！ 😆 VEcWddZycOwdA9Q 😆 http://xhslink.com/m/3C7Va883kgi 复制本条信息，打开【小红书】App查看精彩内容！