一些教程或工具的链接

对接:

smina对接
(见对接教程)
glide-sp/xp等
(见对接教程)
共价对接:

RDKIT

(还没试)

smiles-分子语言

序列比对和rmsd

当两条蛋白质序列的相似度大于30%时,他们的三级结构以及生物学功能也可推测为很接近的
序列比对(蛋白序列blast):

D3POCKET 服务器使用:

23服务器可以

D3CARP(teakki上教程)

服务器上操作:

药物靶点:

小分子靶点预测

GROMACS-常规MD

zotero教程:

decoys

DUD-E  
对小分子生成decoys(50个)可用的网站(生成的是smiles格式,发送到你的邮箱一个压缩包),有时候可能会不发送,过段时间就好了:
还有其他方法待补充……

蛋白-配体2D相互作用工具汇总

protein plus(网页版):可以看二维相互作用ligplot
ligplot(需下载软件)可做出如下图:
分子对接 二维可视化软件 ligplot 的下载安装与使用 链接:https://pan.baidu.com/s/1483MhfehugI8u0lNqRtu1Q_哔哩哔哩_bilibili

pymol+ppt作图教程:

pymol观察氢键:

选中小分子配体后
或者

氨基酸突变

deepurpose

python画图

待看
plt.savefig('my_plot.png')

安装vscode

挺详细的
中断脚本:
调出终端:

集合相似性:

配置pytorch_gpu
师姐:
在75.1 4090上装一直报错可能是conda问题,之前安装没有问题
github
必须和git建立连接吗?可能是有两种上传方法:直接通过官网和借助git