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  • pymol一些操作记录
    选择5A 范围内的氨基酸 图形界面选中配体,A-modify-around 5A residues select near_residues, byres (9ayk within 5 of obj01) 这是小分子为obj01,蛋白为9ayl(里面小分子已扣掉) pymol中文教程: 高级教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)
  • pytorch
    查看某个环境是否可用gpu 先进入目标环境 In [1]: import torch In [2]: print("GPU 数量:", torch.cuda.device_count()) GPU 数量: 4 In [3]: print("PyTorch 版本:", torch.__version__) PyTorch 版本: 2.0.0+cu118 In [4]: print("CUDA 版本
  • 转excel为csv
    本地xlsx上传到服务器显示: " zip.vim version v27 " Browsing zipfile /home/databank_70t/chenyuanjie/similarity-learn/TCM/20250227_test_scaf_h_r/test_h_r.xlsx " Select a file with cursor and press ENTER [Con
  • 希腊字母表
    我们可以直接按照下表输入符号\后边的字母,然后在输入法中就会显示出两个大小写的希腊字母,从中选出我们想要的那一个即可。不过下表中的有些字母是打不出来的,但是如果使用word编辑的话,可以直接插入找到自己想要的字母即可。
  • The integration of machine learning into traditional Chinese medicine(医研三人行) 杭州师范大学团队发表在journal of pharmaceutical analysis 杂志,影响因子6.1 A KG-Enhanced Multi-Graph Neural Network for Attentive Herb Rec
  • vsremd试验流程
    体系--一个空蛋白的vsremd试验流程流水,供参考,可修改 在23上跑的,有些需要去24上处理再转到23上 vsREMD学习/amber-ff19sb\opc 质子化 conda activate pdb2pqr pdb2pqr30 4ztb-a.pdb 4ztb-a.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.5 --pdb-output 4z
  • 相似性
    Tanimoto系数(Tanimoto Coefficient) - JackYang - 博客园 (cnblogs.com) 【2.7.2】集合相似性--谷本系数(Tanimoto Coefficient) - Sam' Note T=交集/并集 取值范围[0,1] 越大越相似 化合物数据集: smiles----描述符Morgan等----降维----可视化
  • 复制 ingredient_all.csv: sed -i 's/Warm/温/g' chinese_properity_821.txt sed -i 's/Cold/寒/g' chinese_properity_821.txt sed -i 's/Mild/平/g' chinese_properity_821.txt sed -i 's/Minor Warm/微温/g' chines