pymol一些操作记录

选择5A 范围内的氨基酸

图形界面选中配体，A-modify-around 5A residues

select near_residues, byres (9ayk within 5 of obj01)

这是小分子为obj01,蛋白为9ayl(里面小分子已扣掉)

pymol中文教程：

高级教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档 (chenzhaoqiang.com)

pymol license：

Registration For Educational-Use Only PyMOL Builds

选择一条链，除去其他的

select chain_A, your_protein and chain A
create new_protein, chain_A and polymer

创建一个项目，包含某一段（先选上，再创及命名）

select new_obj, protein and resi 5-45

create new_protein, new_obj

成组：

group my_group, obj1 obj2 obj3

group num108_10.20,num1 rep.c108 complex108 complex108_pol_conts obj06 measure12 measure13 measure14

解散组：用ungroup my_group，然后变成对象加组的名字，再删除组。如果是delete my_group的话，会直接删除组以及组内对象。

往已存在的组内添加对象：

group mygroup, add=measure05 measure06 measure07 （不能使用measure05-07）

如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇） - 知乎 (zhihu.com)

如何用Pymol做出那些美呆的结构图（晋级篇） - 知乎 (zhihu.com)

reset

在 PyMOL 的命令行中输入 reset，这会将当前视图重置为默认视图，通常情况下，蛋白质会回到可见区域

dss

用于在蛋白质结构中计算并显示二级结构

去水、去甘油、加氢，去d3pocket找口袋

处理蛋白：

create 4ztbz_pr,4ztb and polymer

再add hydrongens

选择残基，加标签，显示为sticks

select resi 478+548

select activate_site, resi 478+548

select activate_site-ca, activate_site and name CA

label activate_site-ca, resn + resi

show sticks, activate_site

选择某一个保存

set state,18

save testpymol.pdb,0.12_skip20clusters, state=18

disable all
split_states clusters
delete clusters
/for i in range(3,100): cmd.delete( "clusters_%04d" %i )
dss show cartoon
util.cbam clusters_0002
align clusters_0001 and ss h, clusters_0002 and ss h

单双键

绘图

pengziyu-teakki:

对接结果处理-作图

主要是下面这个图用来保存做最终图所需要的图，教程前面的步骤可以自己安排

使用PyMOL绘制蛋白与配体分子结合模式图_pymol如何显示结合位点-CSDN博客

由于参数的顺序与 Select 命令（其中所选内容的所需名称是第一个参数）不同，因此将其视为类似于“mv”shell 命令可能会有所帮助，其中首先列出现有对象，其次列出目标。

set_name sele,lig

select res, resi 8+9+6+39+77+78+74+41+44+79

hide

show sticks,lig|res

hide sticks,h.

zoom lig|res

color wheat,lig & name C*

set label_size,20

pi-pi stacking堆积

选择viewing模式，select为atom模式

运行脚本center_of_mass

com sele,object=p1

set sphere_scale,0.25

（把球变小）

测量wizard--measurement

氢键

Displaying Biochemical Properties - PyMOLWiki

create complex, 20085 rep.c3

A--preset--ligand sites--cartoon，即显示出键，然后再测量wizard--measurement

显示出measure01.。。

sele resi 8+78+4+5+lig

A--find--polar contacts--excluding solvent

Transparency透明度

set transparency, 0.65, i. 1-100

操作：

setting--transparency--cartoon--0.5

重命名：

cmd.set_name("measure02", "pi-pi_stacking02")

或

set_name 旧，新

B因子计算：通过分析电子密度图和模型之间的匹配程度，计算每个原子的B因子。B因子反映了电子密度的模糊程度，从而反映了原子位置的确定性或不确定性。

重新编号：

注意编号问题，有时候操作是从1开始的，最后返回到原始编号

help alter

alter all, resi=str(int(resi)+100)

对所有重新编号，在原有基础上加100

rebuild

select res,resi 8+78

color blue, name C+N+CA

color red, sele 再sticks

new

隐藏氢原子

hide (hydro)

这个命令会隐藏当前所有显示的氢原子。 hydro 是 hydrogen 的简写，指代氢原子。如果有其他显示的内容（例如原子、分子等），这些内容仍会显示出来，只有氢原子会被隐藏。