chenyuanjie @chenyuanjie

国内外15个中医药数据库大集锦 - 今日头条 化合物嵌入到学习的几种表示： 分子表示|如何将化学分子输入到深度学习模型中？（相关文献链接持续更新） - 知乎 2024.11.12 https://mp.weixin.qq.com/s/oyZIHU29xce4Ugd1IUmeJw 这里列了一些数据库 ETCM1.0/2.0 1.0里面有402中药，中药配方3959，成分7284，是X

20241113 备份工作多份，如电脑、硬盘、云笔记等 结果可复现 （代码尽量有注释，以保证自己以后可以看得懂。一些代码可传到国内代码仓。在记录中，注意软件版本信息、MD的in文件 md.mdp等文件可以将轨迹处理成隔长点时间的轨迹，一些数据源的版本号，数据处理流程。模型的话要保存pkl文件，） 20260120: 试验记录检查时候，我的里面有部分是直接粘贴的AI的，检查老师说这样的原

蛋白质表-还比较清楚的: 对接： smina对接 （见对接教程） glide-sp/xp等 （见对接教程） 共价对接： Glide共价虚拟筛选 RDKIT （还没试） RDKit|一站式搞定分子读取、输出、可视化 - 简书 (jianshu.com) 利用RDKit实现有机分子SDF文件与SMILES的相互转换 - 知乎 (zhihu.com)利用RDKit实现有机分

搭建的环境 85.9： 环境-85.9-cyj2和cyj_new conda create --name cyj2 --clone pytorch1.12.1 并添加了一些其他的包 75.3： fcpi， 针对下面文章的 75.1 cyj-d3ai 上面环境cyj-d3ai是85.3上面的pytorch_gpu一样的 D3CARP-AI的靶标预测按照下面步骤使用，（虚筛需要修改

NPClassifier: A Deep Neural Network-Based Structural Classification Tool for Natural Products

20241216组会： 化合物类型： 糖类、醌类、苯丙素类、黄酮类、萜类和挥发油、三萜类、甾体类、生物碱、其他（脂肪酸、有机含硫化合物、氨基酸换台蛋白质和酶、矿物质） 糖类： 多羟基糖或者多羟基酮及其衍生物聚合物的总称 单糖、二塘、多糖…… 醌类 分子内具有不饱和环二酮结构的有机化合物，有苯醌、萘醌、菲醌、蒽醌 苯醌： 萘醌： 菲醌： 蒽醌： 苯丙素类 以C6

smina smina --seed 1 --config ../conf0.txt -r ../rep.c0.pdb -l ../test-ligprep-out.sdf -o test.pdb smina进行多个小分子对接时候，结果文件生成pdb或sdf 打分结果一样，但pdb形式的在pymol打开可能是一下情况（我试的几次都是），但sdf的正常。 只对接一个小分子的时候，结果文件是