hanzijian @hanzijian

1.前言 2.体系准备 配体部分按《Glide虚拟筛选》反应前的准备 3.共价对接 Covalent Docking 如果没有找到需要的反应类型，可以选择从官网下载其他反应类型，并从外部读入： https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock 注意，这里设置好以后要在左侧列表中多选选中对接体系和准备好的分子，再run

1.蛋白前处理 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失，需要进行补全，或者使用同源建模的结构。尽管同源建模和晶体结构RMSD很小，实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离，有时可能会造成结果的定性错误。因此补全晶体结构的好处是结构更准确，但操作繁琐。使用同源建模操作简便，但可能带来误差。在实际情况中，有些问题可以使用同源建模（比如根本没解析晶体结构，就是希望引入偏差），有些问题则更建议使用晶体结构。

功能 为小分子配体按gjf格式补齐所需的所有参数。 准备工作 当前目录（根目录）下存放该脚本，以及每个体系的相关文件的子文件夹，如4B4M，6FER。 每个子文件夹内需要有： 需要补参数的配体的Gaussian计算log文件 选好高低层原子的gjf文件，命名中需要带“oniom”字样，有时配体需要补电荷的部分GV会自动给一些，需要全部删掉。 非必需： 自己提供resp电荷+原子名，力场信息，分

1.网站 Comprehensive Algorithm for Researching Pharmaceuticals Comprehensive Algorithm for virtual screening and target prediction CARP是“鲤鱼”的意思，吉祥美好，同时谐音“靠谱”，故选用该名。 D3CARP Server (d3pharma.com) 内部网站包括了处

1.概览 首先需要准备蛋白和配体/化合物库，包括补链，加氢，优化等。 如有晶体结构，首先进行对接复现晶体结构，以确定对接参数，再进行虚筛； 如果没有晶体结构，但是知道口袋位点，可以考虑直接虚筛，然后使用进行可靠性评价。不清楚口袋位点或是蛋白柔性比较大的情况，需要结合MD等工具先探明结构，过程复杂，以后可以单独开一章，所以这部分内容就不在本篇教程中包含了。 SPECS库的分子比较大，结构不好看，同样

1.蛋白前处理 1.1补全侧链 PDB网站获得的结构往往发生残基缺失，需要进行补全。在使用同源建模。前者的好处是使用的晶体结构，更准确。后者虽然操作简便，但尽管同源建模和晶体结构RMSD很小，实际上有很多残基都会发生一定角度的偏离，有时会造成结果的定性错误。因此需要根据实际情况，选择使用的方法，有些问题可以使用同源建模（比如根本没解析晶体结构），有些问题建议使用晶体结构。 1.1.1同源建模