配体准备

# 22224 
# 172.21.85.24  
# 使用薛定谔优化结构（图形化界面操作）
# pH = 8.0，手性从3D结构定（晶体结构），力场为2017版的默认力场OPLS3


conda activate ambertools
# 高斯优化
# 注意检查体系的电荷和自选多重度(eg.将T3的gjf电荷0 1改为1 1)
antechamber -i lig.sdf -fi sdf -o lig.gjf -fo gcrt -at gaff2 -gn "%nproc=4" -gm "%mem=4GB" -gk "#B3LYP/6-31G* em=gd3bj pop=MK iop(6/33=2,6/42=6) opt" -rn MOL  -nc 1  
-nc后面加电荷数，电荷为1就是1，电荷为-1就是-1，在gif文件里有体现
自旋多重度计算：（未配对的正电子数-未配对的负电子数）*2+1=1 一般都为1，遇到金属离子需要特别注意
gif文件如下

第一个1指的是电荷数，电荷为-1就是-1
第二个1指的是自旋多重度




#把gjf文件转成log文件，转换之前检查电荷和自旋多重度
g16 lig.gjf
nohup g16 lig.gjf &




# 基于高斯优化日志文件，拟合RESP电荷，生成AMBER需要的参数文件（prep)
antechamber -i lig.log -fi gout -o lig.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i lig.prep -f prepi -o lig.frcmod -a y
#这里会生成很多文件，包括NEWPDB.PDB


下面将进行两次对齐！
这一步是为了后面将坐标信息对其。注意：必须以高斯产生的小分子sybmol为基准，因为之前产生的键连信息lig.prep是高斯坐标为基准产生的。但我们需要的是对接的原子坐标信息，所以两次对齐的基准不一。第一次对齐（symbol）：高斯产生的小分子为基准（NEWPDB.PDB）。第二次对齐（coordinate）：对接的晶体结构为基准（crtstal.pdb）为基准。


#删除H，获取坐标信息sdf
gv里分别打开 NEWPDB.PDB 与 crystal.sdf（晶体结构配体文件）：打开GV tools-atom list--鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，分别保存。得到 gv-NEWPDB.pdb gv-crystal.pdb
#第一次对齐
GV里 检查 gv-NEWPDB.pdb gv-crystal.pdb，更改gv-crystal.pdb （atom list - Tag)，使其Tag与gv-NEWPDB.pdb 完全一致。
#第二次对齐
dos2unix *
grep -v "CONECT" gv-NEWPDB.pdb |cut -b 1-26 > symbol
cat gv-crystal.pdb | cut -b 29-78|sed '1,2d'|sed '1i Combineing the coordinates from the crystal structure with the atomic numbers from the Gaussian optimized structure'> coordinate
paste -d " " symbol coordinate|sed '1i TITLE      lig.pdb'> lig.pdb


### 可视化检查