JST2C2

化合物能浓度梯度依赖性地下调脂肪分化因子（PPARγ、C/EBPα）以及相关脂肪合成酶（FASN、ACACA）基因表达水平。

化合物能显著抑制高脂饮食诱导的肥胖小鼠体重的增加；与HFD对照组小鼠相比，40 mg/kg剂量给药40天后减重29.32％；且不影响小鼠食欲。

85.23 docking （conda activate rdkit）

nohup bash /home/databank/database/d3carp/scripts/1-Docking_TP.sh -l /home/databank/ydn/d3carp-docking/JST2C2/JST2C2.mol2 -thome/databank/ydn/d3carp-docking/workdir/test/allpdb -c 100 &

写一个整合的自动化脚本

85.3 AI （conda activate pytorch_gpu）

nohup sh "/home/yqyang/rtluo/D3CARP/AI/rux/1-DeepL-TP.sh" -l "/home/yqyang/ydn/250416/AI/JST2C2/JST2C2.mol2" -m MP-CNN &

85.23 similarity（conda activate rdkit）

Rigid-LS-align

3D:nohup sh "/home/databank/ydn/d3carp-similarty/1-Ligand_Similarity_3D_TP.sh" -l "/home/databank/ydn/d3carp-similarty/JST2C2/JST2C2.mol2" -m 0 -d 0.6 -c 16&

MACCS

2D：nohup sh "/home/databank/ydn/d3carp-similarty/1-Ligand_Similarity_2D_TP.sh" -l "/home/databank/ydn/d3carp-similarty/JST2C2/JST2C2_2D/JST2C2.mol2" -f MACCS -d 0.60 -c 16&

发现物种信息不全是人源但无物种信息：Q99576

AI-TP没有物种信息，需要自己匹配

而D3CARP_Ligand_Database.txt有些ID没有物种匹配

下载uniprot库？？

85.23

wget --header="User-Agent: Mozilla/5.0" "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?query=reviewed:true&fields=accession,gene_primary,organism_name&format=tsv" -O uniprot_gene_species.tsv

2025-10-24 02:49:32 (171 KB/s) - ‘uniprot_gene_species.tsv’ saved [38012224]

2025-10-24 02:49:32 (171 KB/s) - ‘uniprot_gene_species.tsv’ saved [38012224]


(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$ wc -l uniprot_gene_species.tsv
573662 uniprot_gene_species.tsv
(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$ head uniprot_gene_species.tsv
Entry   Gene Names (primary)    Organism
A0A009IHW8              Acinetobacter baumannii (strain 1295743)
A0A023I7E1      ENG1    Rhizomucor miehei
A0A024B7W1              Zika virus (isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013) (ZIKV)
A0A024RXP8      cbh1    Hypocrea jecorina (strain ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30) (Trichoderma reesei)
A0A024SC78              Hypocrea jecorina (strain ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30) (Trichoderma reesei)
A0A024SH76      cbh2    Hypocrea jecorina (strain ATCC 56765 / BCRC 32924 / NRRL 11460 / Rut C-30) (Trichoderma reesei)
A0A026W182      Orco    Ooceraea biroi (Clonal raider ant) (Cerapachys biroi)
A0A044RE18      Bli     Onchocerca volvulus
A0A059TC02      CCR1    Petunia hybrida (Petunia)
(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$ ls -lh uniprot_gene_species.tsv
-rw-rw-r--. 1 dddc dddc 37M Oct 24 02:49 uniprot_gene_species.tsv
(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$

下载的 uniprot_gene_species.tsv 里只包含

query=reviewed:true 的 SwissProt（人工审核） 数据；
(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$ head MPNN_species_unmatched.txt
UniProtID
A0A2R8YG87
A0A3Q5ACI7
A0A087WW23
Q497R5
P0DN79

5 条属于 TrEMBL 自动注释库（未review）；

TrEMBL太大了，所以只匹配5条未匹配的

(rdkit) [dddc@localhost JST2C2]$ wget --header="User-Agent: Mozilla/5.0" \ > "https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?query=(accession:A0A2R8YG87 OR accession:A0A3Q5ACI7 OR accession:A0A087WW23 OR accession:Q497R5 OR accession:P0DN79)&fields=accession,gene_primary,organism_name&format=tsv" \ > -O uniprot_trembl_subset.tsv

ai_species.py

P0DN79被删除了，所以没匹配到

筛选人源+筛选docking score<=-9, 2D>=0.8,3D>=0.7+打table+整合

integrate.py

加权排序：

integrate_2.0.py

目前使用的脚本是4.0

integrate_4.0.py

关注筛选结果与调脂肪分化因子（PPARγ、C/EBPα）以及相关脂肪合成酶（FASN、ACACA）有关靶点，如下有14个：

完整的候选靶点如下：

其中，紫色标注为脂质有关，聚合酶1、2表现良好。之前JST181关注的碳酸酐酶家族、PPARG也在候选。

组会讨论：可以筛选完后关注脂肪分化因子（PPARγ、C/EBPα）以及相关脂肪合成酶（FASN、ACACA）基因的上游基因，必须是导致下调。