聚类

操作

Mg体系：  /home/databank/ydn/DRAK2/analysis/cluster/Mg/
noMg体系：/home/databank/ydn/DRAK2/analysis/cluster/noMg/

输入轨迹

Mg体系：  dry-na-align.xtc（含Na⁺，已对齐）noMg体系：dry-na-align.xtc（含Na⁺，已对齐）

cpptraj命令

parm /home/databank/ydn/DRAK2/MD3/Mg/system2/md1/analysis/RMSD-NA/native_na.prmtop


trajin .../md1/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10
trajin .../md2/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10
trajin .../md3/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10
trajin .../md4/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10
trajin .../md5/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10
trajin .../md6/analysis/RMSD-NA/dry-na-align.xtc 1 last 10


cluster C1 \
    hieragglo epsilon 2.0 linkage epsilonplot epsilonplot.dat \
    rms :293 \        ← 基于配体（MOL=293）重原子RMSD
    sieve 10 random \
    out cnumvtime.dat \
    sil Sil \
    summary summary.dat \
    info info.dat \
    cpopvtime cpopvtime.agr normframe \
    repout rep repfmt pdb \
    singlerepout singlerep.nc singlerepfmt netcdf \
    avgout Avg avgfmt restart

# 同上，prmtop换为noMg的native_na.prmtop# rms :292  ← noMg体系MOL=292

参数说明

时间范围：   0-500ns全程（1 last）
抽帧间隔：   每10帧取1帧（约0.02ns/帧）
聚类输入帧： 每条轨迹约25,000帧 × 6条 = 150,006帧
聚类算法：   hieragglo（层次聚合）
距离标准：   配体重原子RMSD
epsilon：    2.0 Å
sieve：    10（稀疏化，实际参与聚类约15,000帧）

输出文件说明

summary.dat     → 各cluster帧数、占比、中心帧
cnumvtime.dat   → 每帧所属cluster编号（可分析各时间段分布）
rep.c0.pdb      → Cluster 0代表结构（用于可视化）
rep.cN.pdb      → 各cluster代表结构
Avg.cN.rst7     → 各cluster平均结构
epsilonplot.dat → epsilon-cluster数关系图

结果

Mg体系：
  总cluster数：63
  Cluster 0：125,083帧，占83.4%
  Cluster 1：11,652帧，占7.8%
  → 配体高度稳定


noMg体系：
  总cluster数：96
  Cluster 0：87,851帧，占58.6%
  Cluster 1：14,306帧，占9.5%
  → 配体构象分散，结合不稳定