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@analoguecomputation 模拟计算 @wlzhu_team 课题组公共空间 @trip13 trip13 @srse 科研小技能交流
  • plan
    目标 (任务书 考核指标）： 写文章 药学学报 完成化湿败毒方所含两千多种天然产物与至少40种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究； 完成不少于10个化湿败毒方-潜在靶标对接复合物的分子动力学模拟； 两千多种天然产物与40+种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究： Overall, a total of 343 chemical compounds were initially characteri
    HSBD 2024-06-28 08:29:01    zhouzhaoyin
  • 服务器软件目录
    更新日期：2021.12.29 -lywu
    share 2024-06-27 12:00:51    zhouzhaoyin
  • 6.22 vsREMD
    vsREMD的编译完全独立，要重新解压从gmx上下载的安装包，替换replicaexchange.cpp文件，在一个新的文件夹下从头安装，所有的路径都要和原来的cmd版本区分开 85.24 /home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/replicaexchange.cpp # cmake 在编译普通版的时候装过了 # 指定路径即可使用 export PATH
    MD 2024-06-22 15:06:00    zhouzhaoyin
  • 现象
    xcy: ligand-docking core constraint 后打分显著提高（2-3分）！
    share 2024-06-18 19:33:36    zhouzhaoyin
  • EquiScore
    85.3 (jawang 123456) /home/jawang/zzy/ai-vs/EquiScore 1.复制脚本到你的路径 cp -r /home/jawang/zzy/ai-vs/EquiScore/test ./ # test 文件夹下有file,output,EquiScore-run.sh三个东西 # file 用于存放输入文件 # output 是输出的原始文件
    share 2024-06-12 13:37:47    zhouzhaoyin
  • study material
    What are the main differences between HTVS, SP, and XP docking? (schrodinger.com) Docking and scoring - Schrödinger (schrodinger.com)
    share 2024-06-06 18:50:01    zhouzhaoyin
  • study materials
    （小分子）卤键-EP模型在gromacs中的实现 贡献者：李锦添师姐 （小分子）卤键-EP模型在gromacs中的实现 非标准氨基酸 贡献者：吴乐云师姐 2023年前 贡献者：simm; 石禹龙师兄；彭诚师兄
    share 2024-05-28 10:25:44    zhouzhaoyin
  • D3MD
    # 测试路径 172.21.75.1 /home/dddc/zzy/test/0515-gmx/test-grompp # 按时间合并轨迹的方法： # 在提交每一次独立的短时MD任务时，在生成tpr文件时，在mdp文件中加一行“tinit”参数（单位 ps），指定模拟开始时间 # gro文件修改（若符合交换条件，交换速度），作为下一次模拟的参考构象（-c);下一次模拟需要新的mdp
    share 2024-05-17 09:07:45    zhouzhaoyin