6.22 vsREMD

# cmake 在编译普通版的时候装过了
# 指定路径即可使用
export PATH=/home/dddc/zzy/software/cmake-3.28/prefix/bin:$PATH
conda activate openmpi
(openmpi) dddc@gpu-4090:~/zzy/software/gmx$ cmake --version
cmake version 3.28.5


CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake)

# 注意要在其他路径下解压
tar xvf gromacs-2022.5.tar.gz
mv gromacs-2022.5 gromacs-2022.5-vsremd
cd gromacs-2022.5-vsremd/


# 替换 src 下面的 replicaexchange.cpp 文件
locate replicaexchange.cpp
#### 一定要检查！！！
cd /home/dddc/zzy/software/gmx-vsremd/gromacs-2022.5-vsremd/src/gromacs
# 备份
mv replicaexchange.cpp replicaexchange.cpp.bak
scp lywu@172.21.85.24:/home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/replicaexchange.cpp ./

cd gromacs-2022.5-vsremd/
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/dddc/zzy/software/gmx-vsremd/gromacs-2022.5-vsremd/install -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 20                                                                               


# 环境变量设置 
# gmx2022 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx-vsremd/gromacs-2022.5-vsremd/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/dddc/zzy/software/gmx-vsremd/gromacs-2022.5-vsremd/install/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/lib64/:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
which gmx_mpi


# 若无误，将3行export写入自己的环境变量
cp ~/.bashrc ./gmx2022.sh


# 需要使用时，source该环境即可

测试

scp -r lywu@172.21.85.24:/home/databank/zzy/project/MD/temp-adjust/test/grep_exchange/input ./from24-tune-temp-5replica


# 一定要检查线程数！进程数！有时候 -np 后面的 数值和实际调用的核/线程不是一个东西
nohup mpirun -np 12 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 10 &


# 检查方法
首先看能否跑通，到log文件里看交换率，如果为0，那就是remd了，如果可以交换，那就是对的