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目标 (任务书 考核指标）：
写文章 药学学报
- 完成化湿败毒方所含两千多种天然产物与至少40种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究；
- 完成不少于10个化湿败毒方-潜在靶标对接复合物的分子动力学模拟；
两千多种天然产物与40+种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究：
- Overall, a total of 343 chemical compounds were initially characterized, and 60 prototype compounds in Q-14 were subsequently traced in plasma using ultrahigh-performance liquid chromatography with quadrupole time-of-flight mass spectrometry. （目前手上有51个小分子mol文件 与任务书中要求的2k+差距较大 ）
- 目前D3Docking数据库中已收集62种潜在靶蛋白（可满足40个靶标蛋白）
计划：
- 向许海玉老师课题组寻求更多的化湿败毒方中有效成分 / 将化湿败毒方中14味中药成分直接提取出来 （3300 个）
- 在d3docking 上做对接（D3 similar ai)
10个化湿败毒方-潜在靶标对接复合物的分子动力学模拟；
前期工作：
- 对化湿败毒方中解析出的57个入血原型成分进行基于分子对接，配体相似性，深度学习的靶标预测。PDEs（磷酸二酯酶）被认为是化湿败毒方的潜在靶标。
- 对化湿败毒方中成分进行了靶向新冠肺炎病毒复制和感染的重要靶点蛋白SARS-CoV-2 Mpro与SARS-CoV-2 RdRp的虚拟筛选，得到8个靶向SARS-CoV-2 Mpro的化合物以及2个靶向SARS-CoV-2 RdRp的化合物，被认为是化湿败毒方中的潜在活性成分。
- glycyrrhisoflavone and licoisoflavone A ----PNAS
计划：
- 实验对象：
- 实验流程：
方案一：先跑apo 的vsREMD(时长？100ns） ，获得蛋白动态性质，聚类获得构象系综。用得到的构象系综 作为受体，与潜在活性化合物对接得到复合物，跑cMD（时长？100ns）
（PDE4实验已经做过了，这次课题的体系要从第一步“靶标预测”中选）
- 实验对象：
靶标预测中的结果