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  • 8.19 85.11 vsREMD
    22207服务器GMX2022-vsREMD已安装完成： 环境变量：~/.gmx2022-vsREMD.sh 测试路径：/home/g16/zzy/software/test/gmx2022/0819-install/from24-tune-temp-5replica 测试命令：mpirun -np 54 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 m
    MD 2024-08-28 19:23:48    zhouzhaoyin
  • 0708 gm
    老师们建议先: 看一下 两个D3S+D3D筛出来的化合物有没有抗新冠活性报道（scifinder) D3AI也取最前面的做一下对接，看一下打分，取并集 如果有，可以直接MD跑一下用别人的活性数据，如果没有，直接买来/许海玉老师处拿来，测活性 把用于可视化那边的smiles式拿来，输入scifinder，看对应的结构记载，看涉及到该结构的文献 大致看了一下 TCMID-27473 CC(=C
    HSBD 2024-07-10 10:06:30    zhouzhaoyin
  • 学习资料
    Insights into Protein–Ligand Interactions: Mechanisms, Models, and Methods - PMC (nih.gov) Sam' Note (qinqianshan.com) 科学网—PDB文件格式说明 - 李继存的博文 (sciencenet.cn)
    share 2024-07-06 09:45:38    zhouzhaoyin
  • bak
    Ensitrelvir 和 S-217622 是同一个药物。Ensitrelvir 是由日本制药公司盐野义制药（Shionogi & Co., Ltd.）开发的一种抗病毒药物，用于治疗 COVID-19。S-217622 是该药物在研发阶段使用的编号。因此，Ensitrelvir 和 S-217622 是同一化合物的不同名称。 后面再做对接的话，把非SARS2晶体结构来源的受体全删了，很多是由S
    HSBD 2024-07-03 14:46:49    zhouzhaoyin
  • 0702 D3Docking
    结果 数据量还是很大的 库中的蛋白都和99个老药进行过对接，那自然就有99个打分，我们新对接的化合物的打分纳入这99个，排个序 # 打分排名第一名的挑出来 for a in `cat protein.txt` do for i in `cat index` do #awk '$9<6{print}' ../results/${i}/${a}/${a}-${i}.txt|sed "s/^
    HSBD 2024-07-03 10:40:20    zhouzhaoyin
  • 0628 D3Similarity
    ligprep 的结果也出来了，可以试试 D3Similarity预测 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/similarity/1 (rdkit) [zjxu@R820 1]$ nohup python D3Similarity-VS_Linux_201102.py ../data/hsbd-1894mol-2d.mol2 1 & [1] 50872 85.12 /
    HSBD 2024-07-01 22:41:10    zhouzhaoyin
  • 0626 记录
    化湿败毒方潜在靶标预测 两千多种天然产物与40+种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究： 14味中药：生麻黄、杏仁、生石膏、甘草、藿香、厚朴、苍术、草果、法半夏、茯苓、生大黄、生黄芪、葶苈子、赤芍 搜索结果：生石膏库里没有，共有13个中药，其中：生黄芪为黄芪；法半夏为半夏，藿香为广藿香，杏仁为苦杏仁 for i in `cat hsbd-herb_index`;do grep -w "$i" ../
    HSBD 2024-06-29 14:53:30    zhouzhaoyin
  • 0626 results
    化湿败毒方潜在靶标预测 1. 收集化湿败毒方中的成分 两千多种天然产物与40+种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究： 14味中药：生麻黄、杏仁、生石膏、甘草、藿香、厚朴、苍术、草果、法半夏、茯苓、生大黄、生黄芪、葶苈子、赤芍 搜索结果：生石膏库里没有，共有13个中药，其中：生黄芪为黄芪；法半夏为半夏，藿香为广藿香，杏仁为苦杏仁 去重后共得到2049个成分 2. 靶标预测（VS) 2.1 D3A
    HSBD 2024-06-28 18:03:26    zhouzhaoyin