1.复制脚本到你的路径

cp -r /home/jawang/zzy/ai-vs/EquiScore/test ./
# test 文件夹下有file,output,EquiScore-run.sh三个东西
# file 用于存放输入文件
# output 是输出的原始文件
# EquiScore-run.sh 是运行脚本

2.修改工作路径

# 脚本 "EquiScore-run.sh" 里的5-11行指定了输入，输出路径，需要更改（建议使用下面的sed命令）
# ${your_dir}是你的路径，注意/前要加转移符号\
sed -i "5,11s/\/home\/jawang\/zzy\/ai-vs\/EquiScore/${your_dir}/" EquiScore-run.sh

3.激活环境

conda activate EquiScore

4.输入文件准备

# test/file 文件夹下有两个文件 dock-result.sdf  protein.pdb，分别是小分子的对接结果和对接时的蛋白受体。
# 用你的小分子的对接结果和对接时的蛋白受体 替换 这两个文件（名称保持一致即可）
# 以薛定谔为例，对接后生成的_pv.maegz可在薛定谔里保存为sdf；蛋白受体原始文件（maegz)在gri_box的那个工作文件夹下，可以保存为pdb文件

5.运行

sh EquiScore-run.sh


# test文件夹下有结果文件result.csv，每行最后的那个数字就是预测结果，代表这个小分子和蛋白的binding potential（0-1，理论上>0.5代表结合，<0.5代表不结合） 
# result.csv中不会直接显示小分子名字，而是显示在原始sdf文件里的位置（第几个），可以根据需要根据名字，把output文件下对应的小分子提取出来。

 原文献：