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  • Schrodinger
    不同服务器上的版本及使用方法 172.21.75.1 （4090） # 版本2021-2 （DeepChem) source ~/zzy/env/schrodinger_2021-2.sh maestro 172.21.85.2 （3090） # 版本2018 conda activate maestro 172.21.85.24 # 版本2018 source ~/
    share 2024-08-21 10:17:45    zhouzhaoyin
  • 0708 gm
    老师们建议先: 看一下 两个D3S+D3D筛出来的化合物有没有抗新冠活性报道（scifinder) D3AI也取最前面的做一下对接，看一下打分，取并集 如果有，可以直接MD跑一下用别人的活性数据，如果没有，直接买来/许海玉老师处拿来，测活性 把用于可视化那边的smiles式拿来，输入scifinder，看对应的结构记载，看涉及到该结构的文献 大致看了一下 TCMID-27473 CC(=C
    HSBD 2024-07-10 10:06:30    zhouzhaoyin
  • 共价对接
    共价对接教程 教程贡献者：韩子涧师兄 Covalent Docking 如果没有找到需要的反应类型，可以选择从官网下载其他反应类型，并从外部读入： https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock 注意，这里设置好以后要在左侧列表中多选选中对接体系和准备好的分子，再run A.实际使用时Fast一直报错，Thoro
    share 2024-07-08 16:35:52    zhouzhaoyin
  • D3Similarity
    172.21.85.12 # 2D Similarity using openbabel with Tanimoto coefficient (Tc) values # use MolShaCS to evalute the 3D-similarity
    share 2024-07-08 13:13:11    zhouzhaoyin
  • 学习资料
    Insights into Protein–Ligand Interactions: Mechanisms, Models, and Methods - PMC (nih.gov) Sam' Note (qinqianshan.com) 科学网—PDB文件格式说明 - 李继存的博文 (sciencenet.cn)
    share 2024-07-06 09:45:38    zhouzhaoyin
  • bak
    Ensitrelvir 和 S-217622 是同一个药物。Ensitrelvir 是由日本制药公司盐野义制药（Shionogi & Co., Ltd.）开发的一种抗病毒药物，用于治疗 COVID-19。S-217622 是该药物在研发阶段使用的编号。因此，Ensitrelvir 和 S-217622 是同一化合物的不同名称。 后面再做对接的话，把非SARS2晶体结构来源的受体全删了，很多是由S
    HSBD 2024-07-03 14:46:49    zhouzhaoyin
  • 0702 D3Docking
    结果 数据量还是很大的 库中的蛋白都和99个老药进行过对接，那自然就有99个打分，我们新对接的化合物的打分纳入这99个，排个序 # 打分排名第一名的挑出来 for a in `cat protein.txt` do for i in `cat index` do #awk '$9<6{print}' ../results/${i}/${a}/${a}-${i}.txt|sed "s/^
    HSBD 2024-07-03 10:40:20    zhouzhaoyin
  • 0628 D3Similarity
    ligprep 的结果也出来了，可以试试 D3Similarity预测 85.12 /home/zjxu/zzy/hsbd/similarity/1 (rdkit) [zjxu@R820 1]$ nohup python D3Similarity-VS_Linux_201102.py ../data/hsbd-1894mol-2d.mol2 1 & [1] 50872 85.12 /
    HSBD 2024-07-01 22:41:10    zhouzhaoyin