共价对接教程

教程贡献者：韩子涧师兄

如果没有找到需要的反应类型，可以选择从官网下载其他反应类型，并从外部读入： https://www.schrodinger.com/science-articles/covdock 

注意，这里设置好以后要在左侧列表中多选选中对接体系和准备好的分子，再run 

A.实际使用时Fast一直报错，Thorough能跑通，Thorough一般每个配体-蛋白对需要0.8-1核时完成。 B.每个配体输出几个poses，1就是只输出最高的，2就是前2高的，以此类推。

使用服务器的maestro打开对接结果文件，选择docking score排在-8之上的（阈值），sort 内选择按MOLNAME分组（实际上就是按分子分组），选择每组第一个，select，invert select反选，删除其他的，导出为first.maegz文件。在property tree中去掉多余的内容，最好只保留需要的内容，如MOLNAME（分子名），CAS，docking score列（否则pymol打开会很卡），导出为first.txt文件，再导出一份maegz文件，作为pymol后续看结构的pse文件。。 接下来使用脚本从库中提取对应sdf文件： 

python glide_covalent_docking_merge.py -g name-dockingscore.txt -s lig_minimize_20240113.sdf -r NucleophlicAdditionTriple

maestro载入sdf文件，聚类，选择所需的数目的分子，删除其他分子，导出为xlsx即可。data-add property-by type，增加MOLNAME列，将title列复制过去，导出到canvas，再导出为SDF。含docking score的导出后将title改为MOLNAME 同时first.maegz文件手动保留对应的复合物记录，将MOLNAME与docking score合并写入title，在property tree中去掉多余的内容，最好只保留MOLNAME，CAS，docking score列，导出properties项选择shown，否则pymol会卡死。

个人体悟（zzy)：