22207服务器GMX2022-vsREMD已安装完成：
环境变量：~/.gmx2022-vsREMD.sh
测试路径：/home/g16/zzy/software/test/gmx2022/0819-install/from24-tune-temp-5replica
测试命令：mpirun -np 54 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 10
测试体系速度：下图1
测试体系交换率：下图2
注：该服务器实际物理核数为56（如图3所示）

安装GCC

# GCC版本不能过低（需要7以上，不然camke报错）
conda create -n gcc_8_5 -c conda-forge gxx_linux-64=8.5.0 gcc_linux-64=8.5.0 sysroot_linux-64=2.17 python=3.8 openmpi
conda activate gcc_8_5


which gcc
# 会发现gcc版本没变
# /home/g16/anaconda3/envs/gcc_8_5/bin/ 下找不到gcc ，需要创建软链接
# 85.11
ln -s /home/g16/anaconda3/envs/gcc_8_5/libexec/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/8.5.0/gcc /home/g16/anaconda3/envs/gcc_8_5/bin/gcc


# conda deactivate
conda activate gcc_8_5


gcc -v
which gcc
# gcc 版本已更新为8.5.0

安装cmake

# GMX 编译
linux下cmake安装配置_linux cmake配置全局-CSDN博客


cd /home/g16/zzy/software/cmake
wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.28.5/cmake-3.28.5.tar.gz
tar xzvf cmake-3.28.5.tar.gz
cd cmake-3.28.5/


# echo "-DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF" >> configure
./bootstrap --prefix=/home/g16/zzy/software/cmake-3.28/prefix


# 编译
make -j 50
# 安装
make install


# 添加环境变量
export PATH=/home/g16/zzy/software/cmake-3.28/cmake-3.28.5/bin:$PATH


# 安装的时候时候需要高版本camke,export一下就可以，这台服务器比较老，不轻易动env
# echo "export PATH=/home/g16/zzy/software/cmake-3.28/cmake-3.28.5/bin:$PATH" >> ~/.bashrc
# source ~/.bashrc


# 查看版本（检验）
cmake --version

• cmake version 3.28.5
• CMake suite maintained and supported by Kitware (kitware.com/cmake).

检查openmmpi

# 该服务器上openmpi已有
###################################################################################
(base) [g16@localhost build]$ mpirun --version
mpirun (Open MPI) 1.8.8


Report bugs to http://www.open-mpi.org/community/help
###################################################################################

安装gmx

# /home/g16/zzy/software/
scp lywu@172.21.85.24:/home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/gromacs-2022.5.tar.gz ./
tar xvf gromacs-2022.5.tar.gz
mv gromacs-2022.5 gromacs-2022.5-vsremd
cd gromacs-2022.5-vsremd/


# 替换 src 下面的 replicaexchange.cpp 文件
locate replicaexchange.cpp
#### 一定要检查！！！
cd /home/g16/zzy/software/gromacs-2022.5-vsremd/src/gromacs/mdrun
# 备份
mv replicaexchange.cpp replicaexchange.cpp.bak
scp lywu@172.21.85.24:/home/lywu/software/gmx/vsremd-2022.5/replicaexchange.cpp ./


cd gromacs-2022.5-vsremd/
mkdir build 
cd build


### 编译
## -DGMX_SIMD参数的选择，看Installation guide — GROMACS 2022 documentation
## 用下面的命令可以看本机支持的版本，选择和安装指导中共有的参数即可
cat /proc/cpuinfo | grep flags


# 这台服务器没有 GPU，-DGMX_GPU=off
# -DGMX_SIMD=SSE2 这个参数不指定的时候，也会报错
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/g16/zzy/software/gromacs-2022.5-vsremd/install -DGMX_SIMD=SSE2 -DGMX_GPU=off -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on -DGMX_MPI=on
# 有GPU的话，-DGMX_GPU=CUDA
# -DGMX_SIMD=SSE2 ：指定SIMD（指令集扩展），可以cat /proc/cpuinfo | grep flags，看自己的机器支持什么，较新的处理器可能支持更高级的 SIMD 指令集（如 AVX、AVX2、AVX-512 等），而较老的处理器可能只支持 SSE2。
# -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=on：在编译过程中自动下载、编译和使用其自带的 FFTW 库，而不是依赖系统中已经安装的 FFTW 库。
# -DGMX_MPI=on ：支持MPI并行


## 根据服务器空闲核数设置参数
make -j 50 
make install -j 50                                                                               


# 环境变量设置 
# gmx2022 
# 命令行输入以下命令
export PATH=/home/g16/zzy/software/gromacs-2022.5-vsremd/install/bin/:$PATH
export LD_LIBRARA_PATH=/home/g16/zzy/software/gromacs-2022.5-vsremd/install/lib64:${LD_LIBRARY_PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=/home/g16/zzy/software/gcc/prefix/gcc-12.2.0/lib64/:${LD_LIBRARY_PATH}


# 测试
which gmx_mpi


# 若无误，将3行export写入自己的环境变量
cp ~/.bashrc ./gmx2022.sh


# 需要使用时，source该环境即可

测试

scp -r lywu@172.21.85.24:/home/databank/zzy/project/MD/temp-adjust/test/grep_exchange/input ./from24-tune-temp-5replica


# 一定要检查线程数！进程数！有时候 -np 后面的 数值和实际调用的核/线程不是一个东西
nohup mpirun -np 60 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 -replex 10 &


# 检查方法
首先看能否跑通，到log文件里看交换率，如果为0，那就是remd了，如果可以交换，那就是对的

debug

# 本次安装流程上没遇到什么问题，在configure的时候，提示GCC,Cmake版本过低，故分别安装
# cmake的那一步，编译器参数不设置的话，报错，怀疑是由于服务器版本较老的原因
# 编译完成后，测试中发现MD只能用一个进程跑，报错信息如下
Inconsistency in user input:
The number of ranks (1) is not a multiple of the number of simulations (6)


# 从结果论的角度，是因为环境变量没指定
# 在创建 conda环境（gcc_8_5)的时候，已经安装了openmpi,在写环境变量的时候，需要指定这个openmpi的环境
# 故，本次安装配套的环境变量如下：