0828 noNA CM-SMD

# /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd
# 初始文件：gmx.top  md.mdp  npt.gro  smd.sh  splumed.in（dat文件模板）
for i in {0..39};do m=`echo $i|awk '{print 0.20+$i*0.10}'`; sed "s/temp1/${m}/g" splumed.in > smd.${i}.dat;sed -i "s/COLVAR/COLVAR.${i}/g" smd.${i}.dat; done


(ambertools) [dddc@localhost smd]$ nohup sh smd.sh &
[1] 214342 （done)


# 计算 40个SMD结果（gro文件）中配体质心/配体苯甲脒苄基碳-ASP171CG的距离
# 配体质心-ASP171CG的距离（SMD的feather) 即为 COLVAR文件的第二列
# 配体苯甲脒苄基碳-ASP171CG的距离调用cpptraj计算
08/29/24 00:47:50 "cpptraj.log" ##############################################################
parm ../gmx.top
trajin *gro
distance @2472 @3328 out dis.dat
run
##############################################################################################
# 注意根据输入的顺序将结果与gro文件一一对应


# pymol 里看SMD的结果，挑选10个构象
# /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd/gro-check/select10
for i in {9,11,12,15,20,21,22,25,30};do cp ../smd${i}.gro ./;done
# /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd/gro-check/select20
or i in {9,10,11,12,14,15,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,29,30,39};do cp ../smd${i}.gro ./;done

Q：我们需要找什么的SMD结果作为vsREMD的起始构象？
A：我们需要所谓“过渡态”，即能量极大值点（结合不稳定）。既不能像晶体结构那样稳定结合，又不能太远离蛋白以至于再没有可能再进入口袋。简而言之，我们想找的复合物构象中配体应该是是在On/Off上“举棋不定”的“墙头草”。
乐云师姐补充：应该再加入一个稳定结合和完全不结合的构象

vsREMD

85.11

# 85.11 /home/g16/zzy/koff/trypsin-31/vsREMD
scp -r dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd/gro-check/select10 ./SMD-select10
for i in {1..10};do b=`sed -n "${i}p" index`;mv $b smd-select${i}.gro;done
for i in {0..9};do a=`expr ${i} + 1`;mv smd-select${a}.gro smd-select${i}.gro;done


scp lywu@172.21.85.24:/home/databank/zzy/project/MD/koff/trypsin/vsremd/trypsin-31/md.mdp ./
scp dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/tleap/gmx/* ./
rm posre*
scp dddc@172.21.75.1:/home/dddc/lywu/trypsin-31/temp ./


nohup sh -c 'for i in {0..9};do a=`expr ${i} + 1`; b=`sed -n "${a}p" temp` ; mkdir md$i; sed "s/300.00/${b}/g" md.mdp > md$i/md.mdp; cd md$i; gmx_mpi grompp -f md.mdp -p ../gmx.top -n ../index.ndx -r ../SMD-select10/smd-select${i}.gro -c ../SMD-select10/smd-select${i}.gro -o md.tpr; cd ../; done'


source ~/.gmx2022-vsREMD.sh
# 资源有限，只跑了10个副本
nohup mpirun -np 40 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md0 md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 -replex 1000 &


(base) [g16@localhost vsREMD]$ nohup mpirun -np 40 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md0 md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 -replex 1000 &
[1] 2650


# 大概9.21完成

85.23

# 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/vsremd
cp -r /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/smd/gro-check/select20 ./SMD-select20
for i in {0..19};do a=`expr ${i} + 1`; b=`sed -n "${a}p" index`;mv $b smd-select${i}.gro;done




scp lywu@172.21.85.24:/home/databank/zzy/project/MD/koff/trypsin/vsremd/trypsin-31/md.mdp ./
cp /home/databank_70t/zzy/project/koff/trypsin-31/tleap/gmx/* ./
rm posre*
scp dddc@172.21.75.1:/home/dddc/lywu/trypsin-31/temp ./


nohup sh -c 'for i in {0..19};do a=`expr ${i} + 1`; b=`sed -n "${a}p" temp` ; mkdir md$i; sed "s/300.00/${b}/g" md.mdp > md$i/md.mdp; cd md$i; gmx_mpi grompp -f md.mdp -p ../gmx.top -n ../index.ndx -r ../SMD-select20/smd-select${i}.gro -c ../SMD-select20/smd-select${i}.gro -o md.tpr; cd ../; done'
mv nohup.out tpr.out


###################################################################################
"sleep.sh" 3L, 195C
source ~/.gmx2022.5-vsremd.sh
sleep 7h
mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md0 md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 -replex 1000
###################################################################################