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  • 12.14 D3Docking
    由于85.12上资源有限（CPU数量少），花了点时间将85.12上的D3Targets转移至85.23，85.24上 配置记录 D3Targets 主要调用的核心板块有 rdkit，mgtools，obabel，smina 85.23 库的位置 /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final 85.24 库的位置 /home/datab
    HSBD 2024-12-16 09:55:42    zhouzhaoyin
  • 2024-around12
    HSBD 2024-12-16 09:45:25    zhouzhaoyin
  • 12.12 D3Docking
    还是想交一批对接任务，把两千多个成分都包进去。 但是口袋不能太多，目前想的是库中现在有62个蛋白，把阳性化合物/老药打分最高的那个口袋拿出来。 定位到smina-dock_multi.sh里选择口袋的部分 找一下老药的对接结果 1212 # 先交一个理论上最快的：3CL和PLpro 打分最高构象的口袋 # /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/1212/test3-i
    HSBD 2024-12-14 10:35:10    zhouzhaoyin
  • 12.10 Traj analysis
    轨迹处理 # 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/analysis/periodic-processing (openmpi) dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/analysis/periodic-processing$ nohup bash periodi
    HSBD 2024-12-11 14:42:12    zhouzhaoyin
  • 12.9 组会
    化合物的购买：老师们建议把25个D3Similarity筛到的化合物都查找一下价格，调研一下有无抗新冠的活性报道。 公司送测（lrt）一批可以测15个左右 我的想法：能否把网药的关键化合物也 查一查？
    HSBD 2024-12-09 11:02:40    zhouzhaoyin
  • 网药-案例share
    2024-12-09 成分信息收集 根据化湿败毒方中的14味中药材，收集2049个成分 hsbd-2049mol.smi 靶点信息收集 # ETCM数据库 寻找他们的已知靶标（确证+基于配体相似性的潜在靶点） # 85.3 /home/yqyang/zzy/hsbd/np/mgp/mol-targets/hsbd-mols-targets # do2.sh 的逻辑如下：
    share 2024-12-09 10:53:14    zhouzhaoyin
  • 12.4 网药
    成分信息收集 D3AI预测有902个化合物是化湿败毒方中发挥潜在活性的靶点 靶点信息收集 # 将这902个化合物smiles拿出来，到ETCM数据库中寻找他们的已知靶标 # 85.3 /home/yqyang/zzy/hsbd/np/get-hsbd-mols-targets/d3ai-902 # etcm-mols-smi-targets-fyl.csv 源自许海玉老师组的付宇蕾师姐提
    HSBD 2024-12-04 20:25:37    zhouzhaoyin
  • 12.3 网药
    PPI D3Targets 里的靶点太少了。 从逻辑上来说，最好是 把化湿败毒方中的成分一起输入D3Targets三个板块，把预测得到的靶点取并集/交集。 目前的预测结果显示，D3AI能预测20个蛋白，但是很多都不是新冠的，是同家族其他蛋白的。D3Similarity 只能预测出来5个蛋白是潜在靶点。 解决方案1是进行数据库扩容，这个工作量略大。 解决方案2是 看看别人的网药是怎么做的，用什
    HSBD 2024-12-04 14:11:49    zhouzhaoyin