12.12 D3Docking

还是想交一批对接任务，把两千多个成分都包进去。

但是口袋不能太多，目前想的是库中现在有62个蛋白，把阳性化合物/老药打分最高的那个口袋拿出来。

定位到smina-dock_multi.sh里选择口袋的部分

找一下老药的对接结果

1212

# 先交一个理论上最快的：3CL和PLpro 打分最高构象的口袋


# /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/1212/test3-input-sdf
# 输入是2049个sdf，完全按照D3Docking 的脚本执行
(base) [zjxu@R820 test3-input-sdf]$ nohup sh do.sh &
[2] 68921


# /home/zjxu/zzy/hsbd/dock/1212/smina-dock-directly
# 直接交了两个smina 任务，输入就直接是2049个一起的mol2文件
(base) [zjxu@R820 ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer-Pocket1]$ nohup /home/zjxu/prog/smina-code/build/linux/release/smina --seed 0 --custom_scoring /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/score_add_Mg-O.txt --config /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Pocket-v1/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer/pocket-1.txt -r /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/preparation/protein-v1/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer.pdbqt -l ../hsbd-2049mol-2d-3d.mol2 -o inputmol2-dockP1.sdf --cpu 8 &
[2] 64489


(base) [zjxu@R820 ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase+Dimer-Pocket1]$ nohup /home/zjxu/prog/smina-code/build/linux/release/smina --seed 0 --custom_scoring /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/score_add_Mg-O.txt --config /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/D3Pocket-v1/ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase+Dimer/pocket-1.txt -r /home/zjxu/xbzhang/2019-nCov-final/preparation/protein-v1/ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase+Dimer.pdbqt -l ../hsbd-2049mol-2d-3d.mol2 -o inputmol2-dockP1.sdf --cpu 8 &
[3] 75019

1213

# 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/smina-dock-directly/
# 直接交了两个smina 任务，输入就直接是2049个一起的mol2文件
nohup smina --cpu 30 --seed 0 --custom_scoring /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/score_add_Mg-O.txt --config /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/D3Pocket-v1/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer/pocket-1.txt -r /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/preparation/protein-v1/ORF1ab_819-2763_Papain-like_proteinase+Dimer.pdbqt -l ../hsbd-2049mol-2d-3d.mol2 -o dock-PLpro-hsbd2049.sdf &


nohup smina --cpu 30 --seed 0 --custom_scoring /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/score_add_Mg-O.txt --config /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/D3Pocket-v1/ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase+Dimer/pocket-1.txt -r /home/databank_70t/zzy/database/2019-nCov-final/preparation/protein-v1/ORF1ab_3264-3569_3C-like_proteinase+Dimer.pdbqt -l ../hsbd-2049mol-2d-3d.mol2 -o dock-3CLpro-hsbd2049.sdf &

# 85.23 D3Docking 已部署完成 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/
# mgtools 安装位置 /home/databank_70t/zzy/software/mgtools
# rdkit pip 安装
# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-all-conf-best-pkt 任务正在进行


# 85.24 smina 环境下差一个 rdkit
# 需要尝试关掉sleep ，速度会起飞
# mgtools 通过conda 安装（~/.condarc 复制的85.12）
# smina 本身自带
/home/databank/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/