12.10 Traj analysis

轨迹处理

# 172.21.75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/analysis/periodic-processing


(openmpi) dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/200ns-cmd/analysis/periodic-processing$ nohup bash periodic-process.sh &
[1] 1569818

RMSD

结合自由能计算

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/traj-analysis
# 计算所需文件整理
# inp 文件
# top文件（tleap输出文件）
# 处理好的轨迹文件


###### "mmgbsa-cal.sh" 19L, 603C #################################################
inpdir=/home/databank_70t/zzy/project/hsbd/traj-analysis/mmgbsa-inp
topdir=/home/databank_70t/zzy/project/hsbd/traj-analysis/topology
trajdir=/home/databank_70t/zzy/project/hsbd/traj-analysis/periodic-processing


for sys in `cat ../index`
do
mkdir -p ${sys}
cd ${sys}


for i in {1..3}
do
mkdir -p ${i}
cd ${i}
mpirun -np 100 MMPBSA.py.MPI -O -i ${inpdir}/igb5-200ns.in -o finalsl.dat -cp ${topdir}/${sys}/native.prmtop -rp ${topdir}/${sys}/pro.prmtop -lp ${topdir}/${sys}/lig.prmtop -y ${trajdir}/${sys}/pbd-auto-${i}.xtc -eo mmgbsa.csv
cd ../
done


cd ../
done
####################################################################################


# 2024-10-29 16:50 任务提交（0182暂未写入）
(base) [dddc@localhost workdir]$ nohup sh mmgbsa-cal.sh &
[2] 145685


# 2024-10-29 21:43 任务提交（0182）
(base) [dddc@localhost workdir]$ nohup sh mmgbsa-cal.sh &
[1] 148714


# 2024-10-29 23：48 已全部完成