0918 SMD新流程

概述

# CV设置为关键氨基酸的主链
# 对蛋白主链施加位置限制
85.24 /home/databank/zzy/project/MD/koff/smd/cv-res_bb-mol-restbb-0918

CV

# trypsin 体系 （！！backbone 没有氧原子！！）



# Hiv 体系 （！！backbone 没有氧原子！！）

SMD

# 生成 index
gmx_mpi make_ndx -f params/npt.gro -o index.ndx
> a2465|a2467|a2475 (trypsin)
> a414|a416|a424|a1983|a1985|a1993 (hiv)
> protein|MOL




# 生成 itp,规定被位置限制的原子
gmx_mpi genrestr -f npt.gro -o rest-bb.itp
Select a group: 4
Selected 4: 'Backbone'


# 在gmx.top 中删掉其他itp链接，更改蛋白后面的那个itp名字


# tpr
gmx_mpi grompp -f smd.mdp -p ../params/gmx.top -c ../params/npt.gro -r ../params/npt.gro -n ../params/index.ndx -o smd.tpr -maxwarn 1
nohup mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm smd &


# vis 检查轨迹
gmx_mpi trjconv -f ../smd.xtc -s ../smd.tpr -n ../../params/index.ndx -o dry_traj.pdb -pbc mol -ur compact


sort -g -k2nr ../smd_pullf.xvg |head


# cpptraj rms 一下，跟 dry.pdb 比较关键氨基酸位置差异

fig

# 85.24 
# /home/databank/zzy/project/MD/koff/trypsin/complex-pre/trypsin-31/gmx-smd/vis/test1/0918
# smd 的设置里其实是 固定了速度的，但是轨迹看下来并不是恒速，画个图确认一下
# 这一轮测试的cv是口袋残基到配体的距离
# 首先是基于smd自己产生的smd_pullx.xvg  得到的图是 smd pull x (ori)
# 再用gmx计算下dis
gmx_mpi distance -f dry.xtc -s ../dry.pdb -n ../../index.ndx -select 'com of resnr 171 172 173 174 177 197 198 196 204 195 205 194 206 193 192 40 81 79 78 plus com of resid 225' -oall dis-pocket-MOL.xvg


# 可以看到中间有些点是缺失的，直观上的感觉，gmx-smd设置的速度太快了？