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  • 2.17 文章思路
    DeepSeek 中医药几乎不退稿的“神仙”期刊！“药食同源”拿下Top！江西中医药大学团队打破常规网药，代谢组学冲锋，分子对接做完直接毕业！ 这个里面的思路，看看有哪些可以用DeepSeek这样的LLM做 Large language models in bioinformatics: applications and perspectives - PMC 想到了思路后，把图补充一下，写个小
    HSBD 2025-02-17 17:38:42    zhouzhaoyin
  • 12.15 CMD-select
    2049 个 化合物D3DOCK对接出来700多个打分不错，太多了，将可药性限定为 excellent后只剩200个了 将这200个拿去聚类 一开始用的0.7 聚类出来偏少（28类） 后来用的0.6 每一类都是挑的 打分最高的化合物去 sci-finder （draw-smi转结构-搜索）上查cas号信息，再去 毕得 百灵威 MCE （皓元）查是否可购买 后来检查的时候发现，有些化合物可能
    HSBD 2025-02-15 14:40:28    zhouzhaoyin
  • 2.13 轨迹处理-mmgbsa
    85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/ 轨迹处理 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/analysis/periodic-processing 与3CL的处理方法一样，唯一的不同是3CL有部分体系跑了200ns，所以工作路径下
    HSBD 2025-02-14 16:17:06    zhouzhaoyin
  • 2.13 文献调研
    黑色素的中药来源 半夏（ETCM2.0 / YLS） 两个数据库中有记载，但是无文献依据且查了知网，gpt,deepseek都没找到依据 茯苓（symmap 2.0) 有文献依据，但是经检查是茯苓提取物可以抑制黑色素，不检查的文本搜索害人呐！ HyunKyung, Lee, and Cha Hwa Jun Cha. "Poria cocos Wolf extracts represses pi
    HSBD 2025-02-13 22:15:47    zhouzhaoyin
  • 1.6 MD pre （PL）
    蛋白准备 本次重新准备，全部选用晶体结构-D3Docking的原始pdb文件-pdb2pqr 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/pro/pdb2pqr pdb2pqr30 ../d3dock-result-pdb/3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G.pdb 3C_like_
    HSBD 2025-02-13 16:11:44    zhouzhaoyin
  • 1.16 HSP90-6sys-SMD-ana
    umbrella 该参数对应mdp文件中的pull_coord1_type = umbrella 前期测试中用这套参数，hsp90 8个体系中6个Fmax与实验值有相关性 # 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/umbrella/analysis bash smd-ana.s
    MD 2025-01-17 19:36:10    zhouzhaoyin
  • 1.8 HSP90-Comparable-6sys
    文献检查 Protein conformational flexibility modulates kinetics and thermodynamics of drug binding - PMC 41467_2017_2258_MOESM1_ESM.pdf 该文献有错误，SI里 PDB ID：5J86出现了两次，其配体不同（文献编号8/18），实际上，PDB 数据库中的仅有一个（18），本次实
    MD 2025-01-15 19:08:57    zhouzhaoyin
  • basic
    share 2025-01-13 14:31:33    zhouzhaoyin