1.8 HSP90-Comparable-6sys

文献检查

pymol 里比较序列

pdb2pqr

/home/data/zzy/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/pdb2pqr
mkdir contain-water


for i in `ls ../raw|sed 's/.pdb//g'`;do pdb2pqr30 ${i}.pdb ${i}.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output ${i}_pdb2pqr.pdb;grep -v "WAT" ${i}_pdb2pqr.pdb > ${i}_pdb2pqr-dry.pdb;mv ${i}_pdb2pqr.pdb ./contain-water/;done

pymol-present-ligand-CV

# pymol 里看关键氨基酸
# 从pdb2pqr的结果看，除了5j2x，都是同样的4个关键氨基酸，5J2X少了ASN51
# 四个关键氨基酸：
r51|r58|r93|r97

配体高斯优化

# 从PDB 上直接下载分子sdf文件，服务器文本处理，对sdf文件重新命名
for i in `awk -F '_' '{print $3}' index`;do b=`grep $i index`;sed -i "s/$i/$b/g" *${i}*;done


# 本地 2017 薛定谔ligprep

# 使用antechamber生成配体小分子参数（85.23）
# /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/ligand/g16


# ！！！！！！！！！！记得挨个检查电荷哇！！！！！！！
for i in `cat index`;do mkdir $i;cd $i;antechamber -i /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/ligand/schrodinger2017-ligprep/${i}* -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' $i.gjf;cd ../;done


# 提交 高斯优化任务
(base) [dddc@localhost 5j20]$ nohup g16 5j20.gjf &
[1] 98202
(base) [dddc@localhost 5j27]$ nohup g16 5j27.gjf &
[2] 98618
(base) [dddc@localhost 5j2x]$ nohup g16 5j2x.gjf &
[3] 99202
(base) [dddc@localhost 5j64]$ nohup g16 5j64.gjf &
[4] 99890
(base) [dddc@localhost 5j86]$ nohup g16 5j86.gjf &
[5] 100616
(base) [dddc@localhost 5j9x]$ nohup g16 5j9x.gjf &
[6] 101463


for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done

gv-check

# 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/ligand/gv
for i in `cat ../index`;do cp ../g16/${i}/NEWPDB.PDB rawg16-${i}.pdb;done


# 本地 gv
# gv里分别打开 NEWPDB.PDB（rawg16-${i}.pdb） 与 d3dock-${i}.sdf
打开GV tools-atom list-鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，保存。
得到 g16-gv-${i}.pdb dock-${i}-gv.pdb


# GV里 检查 g16-gv-${i}.pdb 与 dock-${i}-gv.pdb，更改 dock-${i}-gv.pdb （atom list - Tag)，使其Tag 与g16-gv.pdb 完全一致,修改后得到 dock-${i}-gv-checked.pdb


# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/sys-pre/gv/gv-check
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" dock-${i}-gv-checked.pdb | cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
done
#############################################################################################


# 5j2x 由于有一个溴原子，g16优化，名称为Br1，在pymol里显示异常
# 其对应的prep文件中也是Br1，frcmod中是br
# 有趣，tleap测试一下

• 测试结果看下来没什么问题，lig.inpcrd  lig.prmtop可正常输出无报错
• gaff2 力场里有 溴原子相关的信息

tleap

# /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/sys-pre/tleap


# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh
# 自动化流程 tleap
nohup sh tleap.sh


##################################################################################
cp ../../ligand/g16/$i/${i}.frcmod ./lig.frcmod
cp ../../ligand/g16/$i/${i}.prep ./lig.prep
cp ../../ligand/gv/lig-${i}.pdb ./
sed "s/LIG/lig-${i}.pdb/g" ../tleap.in|sed "s/PRO/${i}-apo.pdb/g" >tleap.in
##################################################################################
pro=loadpdb /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/sys-pre/protein/pdb2pqr/PRO
addionsrand com Na+ 7
quit
##################################################################################




# 75.1 /home/data/zzy/koff/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/sys-pre/tleap
source ~/zzy/env/miniconda-zyzhou-20241026.sh
conda activate AmberTools23
source ~/zzy/env/gmx-2024.4-gpu.sh
# 由于这6个体系电荷不同，所以需要分批进行tleap
grep -A 2 "charge com" */leap.log
# 检查电荷

体系平衡

85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/pre-bal
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=1
export OMP_NUM_THREADS=5


nohup bash min-nvt-npt.sh &