1.16 HSP90-6sys-SMD-ana

umbrella

该参数对应mdp文件中的pull_coord1_type = umbrella

前期测试中用这套参数，hsp90 8个体系中6个Fmax与实验值有相关性

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/umbrella/analysis


bash smd-ana.sh


hsp90-vsremd-2025-1-4.xlsx

可视化检查 pull type = umbrella (非恒速非恒力）的smd 结果，发现配体解离路径有点奇怪，初始结构里，他们呆在一个非常明显的口袋里，结果SMD模拟中，没有从这个口袋解离，而是从另一个口袋，在部分体系里（例如5j2x）配体甚至穿过整个蛋白钻出来也不愿意从这个原本的口袋解离

尝试策略：换个cv

r36|r43|r78|r82 是根据pymol里的氢键氨基酸来选的，计划换为

r33|r36|r37|r39|r40|r43|r76|r78|r81|r82|r83|r91|r92|r93|r94|r95|r123|r139|r169|r171 （配体口袋4A氨基酸）

换为口袋氨基酸后，部分体系的解离路径合理了

原始pdb的cv:    r51|r58|r93|r97
tleap后重新编号的：r36|r43|r78|r82

根据晶体结构原始文献的SI中结合关键氨基酸：

5j20 ：

5j27

5j2x

5j64

5j86

5j9x