12.15 CMD-select

2049 个 化合物D3DOCK对接出来700多个打分不错，太多了，将可药性限定为 excellent后只剩200个了
将这200个拿去聚类
show-mols.ipynb
一开始用的0.7 聚类出来偏少（28类）
后来用的0.6
每一类都是挑的 打分最高的化合物去 sci-finder （draw-smi转结构-搜索）上查cas号信息，再去 毕得 百灵威 MCE （皓元）查是否可购买
后来检查的时候发现，有些化合物可能 smi 手性不太对，可以试试看 把手性信息去掉，对照 分子式去看看是否有遗漏
2024-12-16 22：08
  • # 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-real-allconf-best-pkt/analysis/druglikeness/28mol
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  • # 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-real-allconf-best-pkt/analysis/druglikeness/48mol
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  • obabel 28mol.smi -otxt --append formula -d