1.6 MD pre （PL）

蛋白准备

本次重新准备，全部选用晶体结构-D3Docking的原始pdb文件-pdb2pqr

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/sys-pre/pro/pdb2pqr
pdb2pqr30  ../d3dock-result-pdb/3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G.pdb 3C_like_proteinase+Dimer+6Y2G.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output 3cl-dimer.pdb
pdb2pqr30  ../d3dock-result-pdb/Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C.pdb Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C.pqr  --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output pl-trimer.pdb

3CL与PL分开准备

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol
85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol

生成配体参数

CAS-mol

检查CAS号，与PMS系统中的依次对照，确保一致；
puchem根据 CAS号下载3D结构（sdf)，注意这个3D结构也不是特别靠谱PubChem3D - PubChem；
对下载的sdf进行检查，将名字改为CAS号
schrodinger2017 ligprep
ligprep结果上传 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-3cl-13mol/ligand

高斯优化

其中 51059-44-0 与 85999-40-2 带一个负电（羧基），其余都是中性

复合物体系准备

复合物初始构象的坐标就采用D3Docking的对接结果

gv-check

# 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/sys-pre/gv
for i in `cat ../index`;do cp ../ligprep/${i}/NEWPDB.PDB rawg16-${i}.pdb;done


for i in {1..13};do a=`sed -n "${i}p" tcmid-cas|awk '{print $1}'`;b=`sed -n "${i}p" tcmid-cas|awk '{print $2}'`;cp /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/D3Targets-dock/workdir/3cl-pl-real-allconf-best-pkt/md-conf/Papain-like_proteinase+Trimer+6W9C/$a/*sdf ./d3dock-${b}.sdf;done


# 本地 gv
# gv里分别打开 NEWPDB.PDB（rawg16-${i}.pdb） 与 d3dock-${i}.sdf
打开GV tools-atom list-鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，保存。
得到 g16-gv-${i}.pdb dock-${i}-gv.pdb


# GV里 检查 g16-gv-${i}.pdb 与 dock-${i}-gv.pdb，更改 dock-${i}-gv.pdb （atom list - Tag)，使其Tag 与g16-gv.pdb 完全一致,修改后得到 dock-${i}-gv-checked.pdb


# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/sys-pre/gv/gv-check
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" dock-${i}-gv-checked.pdb | cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
done
#############################################################################################

tleap

# /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/sys-pre/tleap
# 23上原本是默认的amber18的tleap,其中无ff19sb力场，需要通过tleap -I 调用conda ambertools下的环境，实操中，会因为有默认的amber18路径，加载参数有Warning，故新建了一个不默认调用amber18的环境 ~/zzy/ff19sb.sh (复制 ~/.bashrc 仅修改了amber18字段）
##########################################################################################
# zyzhou 20241020 remove amber18 and add conda ambertools to source ff19sb
export PATH=/home/dddc/anaconda3/envs/ambertools/bin:$PATH
#source /home/dddc/software/amber18/amber.sh
export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/anaconda3/envs/ambertools/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
##########################################################################################
# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh
# 自动化流程 tleap
nohup sh tleap.sh


# tleap.sh 的具体代码可在工作路径查看
# 有几个注意点


1. tleap.in 最后写个quit，可丝滑推出tleap；
2. make_ndx 需要使用 (echo '1|13'; echo 'q') | gmx_mpi make_ndx -f gromacs.gro -o index.ndx 来确保选中了 1|13
3. 本次13个化合物里，472-15-1；51059-44-0；85999-40-2三个是带1个负电荷的，tleap.in指定加了9个钠离子，其他的10个化合物都是加8个钠离子就够了


4. 本实验中蛋白为三聚体，这种情况下，tleap.sh无法一步到位：蛋白会有system1,system2，system3。他们的itp得分开写。这个时候，每个system里有多少原子要到 [ atoms ]里面去看，这个system的最后一个原子是多少。


for i in `cat index2`;do mv $i/gmx/posre2.itp $i/gmx/posre3.itp;done
# 每个体系蛋白两条链是一样的，所以统一制作posre1.itp posre2.itp
# top的[ atoms ]里面去看，system1是4608,system2是4613,加起来和protein 这个组（9239）相等


# 手动制作 posre1.itp  posre2.itp  posre3.itp




# 注意！每个top文件插入的位置不同，写了个小脚本进行了文本插入
####################### "do.sh" 7L, 267B ##################################################
for i in `cat index2`
do
rm $i/gmx/posre.itp
sed -i 's/posre1/posre3/g' */gmx/topol.top


cp itp/* ./$i/gmx/
cd $i/gmx
chain1_itp_site=$(grep -n -B3 "system1" topol.top | head -n 1 | awk -F '-' '{print $1}')
chain2_itp_site=$(grep -n -B3 "system2" topol.top | head -n 1 | awk -F '-' '{print $1}')
sed -i "${chain1_itp_site} a ; Include Position restraint file\n#ifdef  POSRES\n#include \"posre1.itp\"\n#endif" topol.top
sed -i "${chain2_itp_site} a ; Include Position restraint file\n#ifdef  POSRES\n#include \"posre2.itp\"\n#endif" topol.top
cd ../../
done
###########################################################################################


# 最后，对得到的体系进行检查
# 检查电荷
grep unperturbed */leap.log
！！！！将com-dry.pdb下载下来检查！！！！

体系平衡

# 172.21.85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-pl-13mol/pre-bal


# 检查npt

100ns模拟记录

13040-46-5 | 3090

# 172.21.85.2 /home/dddc/zzy/project/hsbd/cmd/2024-pl-13mol/md100ns/13040-46-5
dddc@gpu2:~/zzy/project/hsbd/cmd/2024-pl-13mol/md100ns/13040-46-5$ nohup sh 3090-3parallel-cmdexp.sh &
[1] 3417221
# 2025-1-14 轨迹已转移至 23

1486-70-0 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/1486-70-0
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 39907
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 39936
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 39966
# 2025-1-14 轨迹已转移至 23

20347-71-1 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/20347-71-1
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 150417
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 150436
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 150454
# 2025-1-14 续跑任务1并完成
# 2025-1-15 轨迹已转移至 23

20633-67-4 | 4090

# 75.1 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/20633-67-4
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/20633-67-4/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 209786
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/20633-67-4/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 209953
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/20633-67-4/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 210121
# 2025-1-14 轨迹已转移至 23

472-15-1 | 3090

dddc@gpu2:~/zzy/project/hsbd/cmd/2024-pl-13mol/md100ns/472-15-1$ nohup sh 3090-3parallel-cmdexp.sh & 
[1] 1105389 
# 2025-1-14 续跑
# 1-16 之跑完了任务1后程序中断，任务2，3都还没跑
# 1-31 跑2
# 2-3 跑3

# 2-13 转移至23

51059-44-0 | v100

# /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/51059-44-0/
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 193938
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 194062
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 194120
# 1-20 转移至23

53846-50-7 | 4090

# 4090 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/53846-50-7
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/53846-50-7/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 802110
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/53846-50-7/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 802152
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/53846-50-7/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 802210
# 1-20 转移至23

56083-03-5| 4090

# 4090 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/56083-03-5
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/56083-03-5/1$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 2369820
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/56083-03-5/2$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 2369917
dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/56083-03-5/3$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 2370029


# 2-13 转移至23

59870-65-4 | v100

# 85.9 v100 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/59870-65-4
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 230847
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 230883
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 230928


# 1-31 转移至23

78574-94-4 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/78574-94-4/3
(base) [chpeng@localhost 1]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[1] 225238
(base) [chpeng@localhost 2]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[2] 225279
(base) [chpeng@localhost 3]$ nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm md &
[3] 225316


# 1-31 转移至23

8049-97-6 | 4090

# 4090 /home/data/zzy/project/hsbd/2024-pl-13mol/md100ns/8049-97-6/

85999-40-2 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/85999-40-2

# # 2-13 转移至23

91433-17-9 | v100

# 85.9 /home/databank/zzy/project/hsbd/100ns-pl-trimer/91433-17-9

# 2-13 转移至23