0626 results
化湿败毒方潜在靶标预测
1. 收集化湿败毒方中的成分
两千多种天然产物与40+种新冠相关靶标蛋白作用的预测研究：
14味中药：生麻黄、杏仁、生石膏、甘草、藿香、厚朴、苍术、草果、法半夏、茯苓、生大黄、生黄芪、葶苈子、赤芍
搜索结果：生石膏库里没有，共有13个中药，其中：生黄芪为黄芪；法半夏为半夏，藿香为广藿香，杏仁为苦杏仁
去重后共得到2049个成分
2. 靶标预测（VS)
2.1 D3AI-COV预测
库里一共26个靶标，有20个靶标预测出来有化合物打分超过1分（活性超过阳性化合物）
有用的信息有：
- 20个靶标可作为对接的依据（筛选靶标），可以把所有打分超过1化合物，对接到这些蛋白上；
2.2 D3Similarity预测
还在跑，结果的大致情况是每个靶标有若干个阳性化合物，然后该程序依次比较我们输入的小分子和这些阳性化合物的相似性。
这个程序两个问题，跑的慢和有些分子报错。
今晚尝试分子报错的问题（未解决，交上了6-32靶标的任务）
每个靶标计算后，可以提取出相似性较高的化合物
看看这其中有没有与D3AI-COV存在交集的化合物
等待结果中
2.3 D3Docking对接
把流程搞通了，但是对接速度是硬伤，不好解决，只能通过前两个方法筛选出一批靶点/化合物对接
RE0628：与老师讨论后，选择前两步中预测出来的靶点再对接