Omnipath数据库

一、OmniPathR 是“联网访问 + 可离线缓存”机制，不是完全离线工具

 官方设计理念（OmniPathR 文档）
“OmniPathR retrieves all data from the central OmniPath web service (https://omnipathdb.org).
However, all downloaded data are cached locally and reused later to support offline use.”
  • 默认联网下载：第一次调用 omnipath_interactions() 等函数时，会实时访问官方 API；
  • 自动缓存：数据会保存到 ~/.cache/OmnipathR/；
  • 后续离线使用：相同请求会自动从本地缓存加载；
ydn_env  github最新版
pathway2targets_env  
问题1: "omnipath中没有映射表吗？"
根据OmniPath官方文档明确显示：
https://r.omnipathdb.org/articles/drug_targets.html?utm_source=chatgpt.com
OmniPath不提供化合物ID→名称的映射表
官方教程使用DrugBank作为药物数据源，不是OmniPath本身
您需要自己查询外部数据库（PubChem、ChEMBL等）
证据：官方教程中明确写道
"对于直接药物靶点，我们将使用通过dbparser包访问的 DrugBank 数据库"
这说明：
DrugBank提供：药物信息和靶点
OmniPath提供：靶点的下游蛋白质网络
OmniPath 不提供药物的详细信息
问题2: "omnipath中是存在这个子集的吗？"
部分存在，但不是核心功能
* 确实有约5,000条小分子-蛋白质相互作用记录
*主要来自SIGNOR数据库
* 格式是：小分子ID（PubChem CID）→ 蛋白质