gaoxiangxu @gaoxiangxu

##############注意dos2unix！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！ 1.结构优化任务：{ %mem=4GB %nproc=4 # opt b3lyp/6-311g(d,p) geom=connectivity pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) task---name charge & 自选多重度 coordinate

工具的使用层次还是有点没理清楚。 不过基本上是： 蛋白修复：pdbfixer +质子化：pdb2pqr （或用pdb4amber标准化残基） 配体优化（antechamber+gaussian+parmchk2） ambertools{ pdb4amber{ argument: -i input -o output --prot：仅保留Amber兼容的标准残基 --reduce：优先执

General： {汇总输出： .pqr， .pdb} {汇总输出： .gjf/.com， .log， .prep， .frcmod， .pdb} {汇总输出：topol.top，gromacs.gro} #parallel a'bove Gromacs: {最终输出文件：md.cpt md.edr md.gro md.log md.tpr m

#疑问点： 1)质子化pdb2pqr参数是什么含义 pdb2pqr是python3的库，可以后面看看--help 2）.prep是什么文件格式？？ RESP是什么方法 3）frcmod是什么文件格式, { bond lengths; Angles; Dihedrals; Non-bonded Interactions; } 4)输入时蛋白-配体体系，那么用晶体结构就

MD{ 蛋白准备 配体准备 加载力场 能量最小化 升温 预平衡 全模拟 } versus AutoMD==mdframe_run{ lig_param_run lig_param_generate lig_param_check tleap_param_generate gmxtop_add_restrain gmx_pre_equ gmx_mdrun }//显然这里用

1.蛋白准备过程中出现非标准氨基酸，错误示例如下： /home/dddc/software/miniforge3/envs/mdframe/bin/teLeap: Warning! There is a bond of 4.059 angstroms between CD1 and HD13 atoms: ------- .R<CLEU 780>.A<CD1 10> and .R<CLEU 78

问题： 1）能量最小化的配置文件：min.in 需要配置什么？{ cut=8.0 （cut指cutoff，一般用10.0埃米，所有.in参数文件中尽量保持一致） restraintmask=':1-439' (这里的1-439修改成你的体系复合物实际的残基数目 编号） .etc. } 2)升温配置文件：heat.in怎么配置 3）预平衡配置文件：density.in怎么配置 4)模拟

1.config和conductor的功能重叠的问题，究竟该怎么合并，保留哪个？ 首先，conductor中其实可以有一个组分叫config，但是conductor过余冗余了。最初也就是想要一个统一的写入的结果类。但是现在想来，config中包含各种写入/log配置，只需要额外的增添一个成员函数就可以。尾端的接收更加的精简。总结下来保留config，抛弃conductor 2.事实证明：只要在主函