MMGBSA的计算

主要流程：
执行命令：mpirun -np 20 MMPBSA.py.MPI{
  • -i mmgbsa.in \
  • -o mmgbsa_nad1.dat \
  • -sp 4mer_NAD_solv.prmtop \
  • -cp complex.prmtop \
  • -rp receptor.prmtop \
  • -lp ligand.prmtop \
  • -y mmpbsa_traj .c
}
对每个run要准备：{
  • 参数文件：
  • 复合物拓扑：complex.prmtop//每个体系中都有一个
  • 受体拓扑
  • 配体拓扑
}
参数文件准备：mmgbsa.in{
&general
  • sys_name="1OO0"
  • startframe=1