Docking part

1.simina docking

1)知道小分子所在口袋的情况使用该方法。 

进入pymol，加载带小分子的晶体结构，选中小分子，为sele。

 centerofmass sele 

记录小分子质心，作为后续对接的盒子中心。 

 obabel NEWPDB.PDB -osdf -O ligand.sdf 

将NEWPDB.PDB转成sdf文件进行对接。上传文件至服务器。

 smina --seed 1 --num_modes 10 -r complex.pdb -l 0415_g16.sdf --center_x  81.581 --center_y 29.646 --center_z 12.226 --size_x 10 --size_y 10 --size_z 10 -o docking.pdb 

 得到对接结果，选择其中之一或全部。

 2)不知道分子在哪个口袋，需要使用盲对接。

下载pymol脚本，用来划分格子。

drawgridbox.py

将该脚本放在pymol的工作路径中。

1. load drawgridbox

 2. drawgridbox repc0, nx=5, ny=5, nz=5,  lw=1, g=0, b=0

 3. centerofmass

可以得到Box dimensions和Center of Mass，记录。

2.glide docking

pass

3.glide的共价对接

蛋白处理的细节：

cap terminal : 对于全长蛋白，保持天然末端（不封端）；对于截短体或分离的蛋白结构域，则建议封端

selenium 当然是有硒的时候勾选啦

Fill in missing side chains ：对应分子动力学中的补链操作

关于PH值，一般情况下用7.4 +- 0.00,但是我觉得还是应该按照实际的情况来

配体准备就没有没什么了

4.vina-cuda测试