Homologous Modeling/同源建模/残基补全

残基补全：
工具：PDBfixer，Modeller，Rosetta，Alphafold，Chimera
小问题用PDBfixer，大问题用Modeller和Alphafold。
作用：补全晶体结构的缺失的残基
说明：同源建模会导致源晶体结构部分残基角度偏离，所以选择晶体结构还是同源建模慎重考虑。
swiss model 补全残基过程：
  1. pdb 结构（Cmodel)，Fasta >>>>去除所有配体 && cofactor&&水（重要水保存，后面再保存），离子和多聚体可以只保留一个。
  2. https://swissmodel.expasy.org/interactive 中进行操作
  3. use template 
  4. 上传 ****.pdb，FASTA序列
  5. 下载建模结构（Hmodel）
  6. pymol 加载建模结构和晶体结构
  7. Hmodel align to Cmodel ##坐标对齐
  8. 参考Hmodel，补全Cmodel（文本操作）
  9. 合并除完成的MD输入****.pdb
整体思路：
首先目标原始体系中是有缺失的，missing
利用fasta.seq 和 pdb.seq , alignment 后确认missing位点
然后利用modeller 进行补全。
目前的参考工具是PDBfixer和Modeller后面都试试。
测试日志：
2025-12-11：
以1HWK为例，试一下用给的脚本进行残基补全。
先用PDBfixer，测试无误
2025-12-8
SwissModel测试，用6NIG，3FIX
上传6NIG的序列，感觉应该是从uniprot调来的sequence，其中不包含配体，建模
还不行嘞，因为可能是异构体
对比一下
uniprotmodel是根据uniprot.seq建模的
pdbmodel是根据pdb文件去掉配体建模的
##理论上是同序列，差距不大，试了下，感觉不太行，不太想用swiss model出来的模型内容