gaoxiangxu @gaoxiangxu

1.simina docking 1)知道小分子所在口袋的情况使用该方法。 进入pymol，加载带小分子的晶体结构，选中小分子，为sele。 centerofmass sele 记录小分子质心，作为后续对接的盒子中心。 obabel NEWPDB.PDB -osdf -O ligand.sdf 将NEWPDB.PDB转成sdf文件进行对接。上传文件至服务器。 smina --seed

主要流程： 执行命令：mpirun -np 20 MMPBSA.py.MPI{ -i mmgbsa.in \ -o mmgbsa_nad1.dat \ -sp 4mer_NAD_solv.prmtop \ -cp complex.prmtop \ -rp receptor.prmtop \ -lp ligand.prmtop \ -y mmpbsa_traj .c } 对每个run要

MD主流程： 1.数据预处理： 1）蛋白预处理{ 源数据： raw .pdb 补全工具：pdb2pqr#还有其他工具吗？过程是什么？只是质子化？ 命令：pdb2pqr30 input.pdb out.pqr --ff AMBER --ffout AMBER --with-ph 7.4 --pdb-output out.pdb 输出： processed .pqr && proc

1.二面角计算过程 {res={atoms,coord}}m for resi in{res}m: switch (dihedrals_type) resi ---> 四原子 atom,coord 矢量叉积(coord)-->angle 2.MI计算 1）I(X;Y)=H(X)+H(Y)-H(X,Y) H(X),H(Y)是单变量熵，H（X,Y)是联合熵 计算过程 输入矩阵：dihedral

Modeller安装 密钥：MODELIRANJE

脚本：~/local/pdbfixer_repair.py 测试体系：1HWK 输出文件：1HWK_fixedbyPDBfixer.pdb

残基补全： 工具：PDBfixer，Modeller，Rosetta，Alphafold，Chimera 小问题用PDBfixer，大问题用Modeller和Alphafold。 作用：补全晶体结构的缺失的残基 说明：同源建模会导致源晶体结构部分残基角度偏离，所以选择晶体结构还是同源建模慎重考虑。 swiss model 补全残基过程： pdb 结构（Cmodel)，Fasta >>>>去除所有