9.24

• 交平行测试（初始速度随机）
• trpysin-31 选择一批新的初始构象（靠近解离构象的）给leyun,提交vsREMD test
• 从 SMD 中 流程化选择vsREMD 初始构象

1. 对SMD轨迹进行聚类
2. 
   

记录

trypsin-benzamidine

/home/dddc/zzy/project/koff/smd/param-test/trypsin-benzamidine/0924/rate/


# tpr
gmx_mpi grompp -f smd.mdp -p ../../../../params/gmx.top -c ../../../../params/npt.gro -r ../../../../params/npt.gro -n ../../../../params/index.ndx -o smd.tpr -maxwarn 1
# 4090
nohup gmx_mpi mdrun -v -deffnm smd &




# force vs. Time
1. 每个参数平行三次的结果统计
# 最后结束的时间实际上是不一样的，这里为了统一，只统计到最短的那个结束时间
paste */smd_pullf.xvg|sed '1,17d'|sed '1i time1 f1 time2 f2 time3 f3'|awk '$6 != ""' >smd_pullf.xvg


2. 不同参数合起来统计 
paste */smd_pullf.xvg|sed '1d'|awk '{print $1,$2,$4,$6,$8,$10,$12,$14,$16,$18}'|sed '1i time1 f1 f2 f3 f1 f2 f3 f1 f2 f3'|awk '$10 != ""' >smd_pullf.xvg




# dis vs. Time
1. 每个参数平行三次的结果统计
for i in {1..3};do echo 22|gmx_mpi trjconv -f $i/smd.xtc -s $i/smd.tpr -n ../../../params/index.ndx -o $i/dry.xtc -pbc mol -ur compact;done


for i in {1..3};do echo 22|gmx_mpi trjconv -f $i/smd.xtc -s $i/smd.tpr -n ../../../params/index.ndx -o $i/dry-nojump.xtc -pbc nojump;done


for i in {1..3};do echo 22|gmx_mpi trjconv -f $i/smd.xtc -s $i/smd.tpr -n ../../../params/index.ndx -o $i/dry.pdb -pbc mol -ur compact -dump 0;done


for i in {1..3};do gmx_mpi distance -f $i/dry-nojump.xtc -s $i/dry.pdb -n ../../../params/index.ndx -select 'com of atomnr 2465 2467 2475 plus com of resid 225' -oall ori$i-dis.xvg;done


for i in {1..3};do gmx_mpi distance -f $i/dry.xtc -s $i/dry.pdb -n ../../../params/index.ndx -select 'com of atomnr 2465 2467 2475 plus com of resid 225' -oall ori$i-test.xvg;done


paste ori*|sed '1,17d'|sed '1i time1 dis1 time2 dis2 time3 dis3'|awk '$6 != ""' >smd_dis.xvg
rm ori*


2. 不同参数合起来统计 
paste */smd_dis.xvg|sed '1d'|awk '{print $1,$2,$4,$6,$8,$10,$12,$14,$16,$18}'|sed '1i time1 dis1 dis2 dis3 dis1 dis2 dis3 dis1 dis2 dis3'|awk '$10 != ""' >smd_dis.xvg

• 再看一下其他几个体系，看能不能有平台期

# vis 检查轨迹
# cpptraj rms 一下，跟 dry.pdb 比较关键氨基酸位置差异