9.29 周报

上周发现Trypsin-benzamidine体系在rate 0.02 ,k=1250时,cv-时间曲线有一个平台期(图1)。
组会上,老师建议进一步测试1000-1500中间的力常数,看平台期是否在某一个区间内稳定存在,师姐建议我三次平行测试。
                                                              图1:9.22周报中的测试结果
                                                             
    本周的第一轮测试结果给我的感觉首先是 平行实验很有必要,随机性很大。
    反过来想,这个测试的意义何在?这个所谓的“平台期”真的重要吗?这个还没经过测试。
    这么想的话,感觉这个测试的意义目前还不是很清晰,不如先往下走。
    SMD就是获得vsREMD初始构想的手段,初始构想中现在蛋白backbone又固定了,唯一不同的就只是配体构象。
    师姐那边的进展说明了短时间的vsREMD就可以确定配体会结合还是解离。朱老师上周还提到“方法发展过程中要考虑未来应用场景,同行的可操作性。”,那么我们第一步首先是给配体解离过程的一系列构象(按照cv聚类)
 
                                                             图2:9.24 测试结果
  1. 能拉动的最小速度 
”平台期“  应该是在