MD 流程化

2025-2-18 会议

课题负责人：夏超越

蛋白

6lk0fix_H.pdb

配体准备

使用antechamber生成配体小分子参数（85.23）

lig_parameter_cal.py

# 挨个检查电荷
for i in `cat index`;do rm -r $i;mkdir $i;cd $i;antechamber -i ../../../ligand/{input.sdf/mol2} -fi sdf -o $i.gjf -fo gcrt;sed -i '1,3d' $i.gjf;sed -i '1i %mem=4GB\n%nproc=4\n#B3LYP/6-31G* Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) opt' {output.gjf};cd ../;done


nohup g16 $i.gjf &
# 得到log文件

lig_resp_cal.py

for i in `cat index`;do cd $i;antechamber -i $i.log -fi gout -o $i.prep -fo prepi -c resp;parmchk2 -i $i.prep -f prepi -o $i.frcmod -a y;cd ../;done

复合物体系准备

默认已有复合物坐标信息

lig_atom_name_check.py

输入 NEWPDB.PDB （高斯优化输出文件，原子名字）

与 dock-${i}.sdf （坐标信息）

tleap

md_parm_gen.py

输入上面的所有输出文件

输出amber md 参数文件（prmtop / inpcrd)

amber_gmx_parm_trans.py

输入 amber md 参数文件（prmtop / inpcrd)

输出 gmx md 参数文件（gro / top)

体系平衡

输出 gmx md 参数文件（gro / top) + mdp 文件 (能量最小化，nvt，npt）

输出 tpr (能量最小化，nvt，npt，md）

0.5fs-1fs-2fs

pre_equ.py

输出 md.tpr