2.19 HIV 5sys smina dock

SMD 初始构象获取

1. 根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去
2. 将配体对接

对接

23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/complex/5sys-dock-cmd/dock
# 受体为B409体系的apo（tleap），配体为NEWPDB.PDB，对接盒子由B409晶体结构自动生成
for i in `cat index`;do smina --seed 0 --num_modes 1 -r 1ec1-pdb2pqr-tleap.pdb -l ../../../ligand/g16/newbpdb/${i}-NEWPDB.pdb -o dock-1ec1-${i}.sdf --autobox_ligand lig.pdb --cpu 5;done

gv-check

# 本地 gv
# gv里分别打开 NEWPDB.PDB（rawg16-${i}.pdb） 与 d3dock-${i}.sdf
打开GV tools-atom list-鼠标点击symbol列-rows-sort selected -拖动鼠标选择所有H-edit-delete-selected atoms），接着仍在atom list中，edit-z matrix-standardize，保存。
得到 g16-gv-${i}.pdb dock-${i}-gv.pdb


# GV里 检查 g16-gv-${i}.pdb 与 dock-${i}-gv.pdb，更改 dock-${i}-gv.pdb （atom list - Tag)，使其Tag 与 g16-gv.pdb 完全一致,修改后得到 dock-${i}-gv-checked.pdb

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/ligand/gv-check
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" dock-${i}-gv-checked.pdb | cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
done
#####################################################################################

tleap

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/tleap


# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh
# 自动化流程 tleap
nohup sh tleap.sh


##################################################################################
sed "s/LIG/lig-${i}.pdb/g" ../tleap.in >tleap.in
mol_itp_site=$(grep -n "Cl-" topol.top | head -n 2 | tail -n 1 | awk -F ':' '{print $1}')
##################################################################################
pro=loadpdb /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/protein/1ec1-pdb2pqr-tleap.pdb
addionsrand com Cl- 6
##################################################################################


# 该体系是同源二聚体，posre1.itp 注意要手动修改（1-1569）

pre-equilibrium

4090 /home/data/zzy/koff/smd/hiv-1/pre-equilibrium
source ~/zzy/env/gmx-2024.4-gpu.sh


dddc@gpu-4090:/home/data/zzy/koff/smd/hiv-1/pre-equilibrium$ nohup bash min-nvt-npt.sh &
[1] 4108062


# 另外两个体系之前预平衡已完成，直接复制过来
scp -r lywu@172.21.85.24:/home/databank/zzy/project/MD/koff/hiv/hiv-B409/pre-equilibrium ./B409
scp -r dddc@172.21.85.23:/home/databank_70t/lywu/hiv-1/a047/pre-equilibrium ./A047