2.20 HIV 5sys dock 7sys SMD

SMD 初始构象获取

只有两个体系有初始结构

两个思路：

根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去
将配体对接

5个没有晶体结构的体系smina对接后，进行预平衡，得到npt.gro

2个有晶体结构的体系前期已经预平衡过了

由于对接能复现B409的晶体结构，所以尝试直接用对接得到的构象作为初始构象，跑SMD

输入文件

85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd/7sys-npt_top
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../pre-equilibrium/$i/npt/*gro ./$i/npt.gro;cp ../../sys-pre/tleap/$i/gmx/topol.top ./$i/gmx.top;done


# 本地可视化检查npt.gro
# 删除 top 文件中 posre2.itp 对应的那几行，posre1改为posre
for i in `cat index`;do vi $i/*top;done
for i in `cat index`;do sed -i 's/posre1/posre/g' $i/gmx.top;done

CV

尝试1：配体口袋4A氨基酸

该体系是同源二聚体，不能写成 r36|r43|r78|r82，需要写成原子

cpptraj mask 可以根据距离选中配体周围4A原子并输出

要注意，该体系的输入文件gro里第二条链是从头开始（1-99*2）但是cpptraj读取时是不重新编号的（1-198），选中配体是（:199）

&! 是排除

# v100 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd/cv/test
# 以A015做测试
cpptraj
####################### "mask_MOL_3A.in" 4L, 107C ##################################
parm gmx.top
trajin npt.gro
mask "(:199<:3.0)&((!:WAT)&(!:MOL))&(@N,CA,C,O)" maskout mol-3A.dat maskpdb mol-3A.pdb
run
####################################################################################


# mask 默认是整个残基中只要有一个原子符合要求就都选中，尝试只选中主链/全选，看哪个效果好

# pymol 里可检查这部分原子的中心与配体中心是否吻合
pseudoatom pkt_center, mol-3A.pdb

# 从cpptraj的输出结果转换为gmx pull_group1_name的索引
awk '{print $2}' mol-3A.dat |sed '1d'|sed ":a;N;s/\n/|a/g;ta" |sed 's/^/a/'|sed 's/|a$//'

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd/cv
cp -r ../7sys-npt_top/* ./
####################"get_pkt_3A_atom_index.sh" 8L, 185C #############################
for i in `cat index`
do
cd $i
cpptraj -i ../mask_MOL_3A.in


awk '{print $2}' mol-3A.dat |sed '1d'|sed ":a;N;s/\n/|a/g;ta" |sed 's/^/a/'|sed 's/|a$//' >> ../pkt_3A_atom_index
cd ..
done
####################################################################################

SMD-umbrella

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd/umbrella
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh


# posre.itp 得检查，1569后的原子序号top中不存在，得删去
# index.ndx 中的group名称长度有上限，因此在Index.ndx中将"a_132_a_133_a_134_a_135_a_136_a_137 ...." 这样一大串替换为“pkt_3A_atom_index”
mdp文件里也同步替换pull_group1_name
# 需要设置pbc参考原子，尝试用之前B409体系的pull group CG 1990
pull-group1-pbcatom     = 1990


cp ../parm/* ./
paste ../cv/index ../cv/pkt_3A_atom_index >index
cp -r ../7sys-npt_top/* ./


nohup bash smd.sh &