MD 实操细节

20240925

周期性的处理方法：

在SMD模拟蛋白-配体解离的时候，由于配体解离，会超出周期性盒子，这时候，常规的

trjconv -pbc mol -ur compact + cpptraj rms 就不太好使了，尤其是 -ur compact 会让整个系统在视觉上看起来更加紧凑，尤其是当分子漂移较远时，它会将分子重新布局，使得分子彼此靠得更近

在这种特殊的模拟中 trjconv -pbc nojump

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