2.22 思路整理

2025 1月初

开始做HSP90 体系的SMD模拟，用的师姐的给的8个体系，这8个体系koff和kd相关性较差。

后来SMD模拟后,fmax和koff没啥相关性，但是去掉两个体系后，fmax和koff相关性很好，与kd没什么相关性。但此时忽略了一个点：去掉两个体系后，剩余6个体系koff与kd 各自取对数后，也有了一定的相关性（R2=0.6)

由于1月初的结果，我们有了往下做的信心，当时的想法是：想尝试一下用有同一批次的koff数据的体系来做SMD模拟，这样的数据的质量更高？这个时候还系统的统计了每个koff数据对应的蛋白是突变体还是野生型

上述工作的成果是基于文献，整理了35个HSP90的体系（都有晶体结构），其中符合同一批次且明确说了koff实验数据用的蛋白是野生型还是突变体的就只有6个，所以根据这6个体系去进行了SMD模拟

这个实验有几个不足：

当时没整理HSP90的数据，印象里感觉结论还行，准备新体系又是舒适区，就接着做HIV-1体系的SMD，想看看koff和Fmax的相关性

这个体系首先蛋白是个二聚体，又缺少复合物晶体结构，所以在选择体系后，首要问题就是怎么获得复合物初始构象

17-18号和师姐挑了7个体系，这7个体系的koff-kd相关性很差，但是取对数后，相关性高达0.66。当时并未意识到要检查实验值取对数后的相关性，就继续向下做了

7个体系中，两个是有晶体结构的，前期体系已经准备好了

其余的5个体系，计划了三套初始构象获取方法：

CMD耗时比较久，作为方法发展，在流程里加入这一步会大大延缓效率

综合考虑后，作为universal的方法，流程如下：