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  • 体系标注
    ' 这个标注的意义，根据我们之前的讨论，我的理解是：先挑选一批简单的，没什么额外考虑的体系先跑起来，目前总结的，需要考虑的额外因素有： 1. 体系中的离子，如果apo，complex口袋中一个又一个没有，或者数量不一样，保留还是去除； 2. 配体的带电情况（主要是核苷类似物），前期发现带磷酸的配体真空高斯优化经常通不过（水里可以通过），这会带来误差，因此这部分体系像后续做一次集中讨论； 3.
    MD 2025-09-08 18:25:53    zhouzhaoyin
  • vsREMD 操作
    确定需要的vsREMD副本数 Temperature generator for REMD-simulations (virtualchemistry.org) /home/databank/zzy/usp18/vsREMD/noloop_24/parameters 初始结构准备 注1：若是每个副本构象不同，可参考该流程，若初始结构完全一致，可跳转至“vsREMD测试”部分 注2
    share 2025-09-05 15:54:30    zhouzhaoyin
  • jupyter notebook
    windows cmd : ssh 172.21.85.24 linux server: jupyter notebook --no-browser 85.2 # 生成密码 jupyter notebook password # 查看密码加密形式 cat /home/dddc/.jupyter/jupyter_server_config.json vi ~/.ju
    share 2025-08-29 18:50:47    zhouzhaoyin
  • gmx2024
    env 4090 source /home/dddc/zzy/env/gmx-2024.4-gpu.sh v100 source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh 75.4 与75.5、75.6相似，安装过程不赘述 由于该服务器从conda转向miniforge，openmpi lib位置变化，调用gmx前要 export LD_LIBRARY_PATH=/home/dddc/z
    MD 2025-08-25 10:35:17    zhouzhaoyin
  • interaction analysis
    PLIP - Help (tu-dresden.de) Non-covalent interactions between proteins and ligands pymol pi-pi set ray_shadows,0 create 8bcovbond, sele select a1, sele select a2, sele bond a1,a2 pseudoatom
    share 2025-08-21 14:21:26    zhouzhaoyin
  • gmx
    HIS/HID/HIP 科学网—#笔记#氨基酸残基质子化形式的判断（pKa预测） - 王少许的博文 (sciencenet.cn) make_ndx gmx_mpi make_ndx -f ref.pdb -o index.ndx > r 172-324 > r 49 57 58 233 333 334 336 349 389 393 rms nohup sh -c 'for
    share 2025-08-21 10:47:38    zhouzhaoyin
  • 6.30 1-5pair
    apo 体系 蛋白检查 & 清洗 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0630/clean_system/pdb2pqr/0630 # index 文件包含 体系 PDB ID 和 chainID，命令中直接通过grep 选中对应的链，这很方便 # 实际操作时，在 grep -v HETATM 前 检查了氨基酸外 原子，确认对体系影响不大后，全部删
    MD 2025-08-19 16:05:34    zhouzhaoyin
  • 7.21 1-10pair check
    经讨论，每个体系提交前要和师姐对一下细节，比如是否用二聚体，体系中是否有其他需要考虑的细节。讨论的 结果文件可见 7.21 邮件（Re：7.19周报） 3ZV8-3ZV9 该结构中有HIS tag，经讨论，将其删去 MD 自动化处理 # v100 /home/databank/zzy/project/D3PM/0713/MD_auto_workdir # 对apo 体系进行处理（3
    MD 2025-08-18 21:15:06    zhouzhaoyin