vsREMD 操作

确定需要的vsREMD副本数

初始结构准备

### tleap
# 把tleap的操作流程写入tleap${i}.in，记得更改每个tleap.in里的蛋白名称
# tleap${i}.in 大致模板如下
###########################################################################################
source leaprc.protein.ff19SB
source leaprc.water.opc
pro=loadpdb pM.pdb
charge pro
solvatebox pro OPCBOX 10
addionsrand pro Na+ 4 
charge pro
saveamberparm pro pro.prmtop pro.inpcrd
savepdb pro pro_tleap.pdb
###########################################################################################


# 记得到不同的目录下执行
tleap -s -f tleap${i}.in


python change.py
####### change.py ###################################################
import parmed as pmd
amber = pmd.load_file('pro.prmtop','pro.inpcrd')
amber.save('topol.top')
amber.save('gromacs.gro')
#####################################################################


# 添加位置限制信息
！！！！ vsREMD的 topol文件；posre.itp;index.ndx 不同副本需要一致，这意味着原子数需要完全一致，但是tleap加溶剂往往数目不会完全一致，因此需要选择一个副本作为基准（一般是溶剂数最少的），所有副本都用它的topol文件；posre.itp;index.ndx。手动删除其他副本gromacs.gro里的多余溶剂分子，使其原子数一致。


# 案例：一个有20个副本的体系，以副本6为基准，原子数59872，溶剂数14035
# 手动删除其他副本的溶剂至14035后，还要更改gromacs.gro第二行的总原子数
for a in {1..25};do sed -i "2s/.*/59872/" ../${a}/gromacs.gro;done


# 用副本6的gromacs.gro的文件生成
# 事实上，用哪一个副本都是一样的
gmx_mpi make_ndx -f gromacs.gro -o index.ndx
gmx_mpi genrestr -f gromacs.gro -o posre.itp

预平衡（for loop)

# 300K 平衡
# 模板如下
# 记得检查gmx版本
which gmx_mpi
###########################################################################################
for i in {1..20}
do
cd ${i}
gmx_mpi grompp -f ../parameters/minim.mdp -c gromacs.gro -p ../topol_6/topol.top -o em.tpr
mpirun -np 50 gmx_mpi mdrun -v -deffnm em
gmx_mpi grompp -f ../parameters/nvt.mdp -c em.gro -r em.gro -p ../topol_6/topol.top -o nvt.tpr
mpirun -np 50 gmx_mpi mdrun -v -deffnm nvt
gmx_mpi grompp -f ../parameters/npt.mdp -c nvt.gro -r nvt.gro -t nvt.cpt -p ../topol_6/topol.top -n ../topol_6/index.ndx -o npt.tpr
mpirun -np 50 gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt
done
###########################################################################################


# 记得检查gmx版本
which gmx_mpi
# 升温平衡
# 将mdp文件中的温度改成vsREMD对应的温度
for a in {1..20};do b=`sed -n "${a}p" ../parameter/temp`; sed "s/300/${b}/g" ../parameter/npt.mdp > npt_mdp/npt${a}.mdp; done


# 记得检查gmx版本
which gmx_mpi


for i in {1..20};do gmx_mpi grompp -f npt_mdp/npt${i}.mdp -c ../pre/pre${i}.gro -r ../pre/pre${i}.gro -p ../parameter/topol.top -n ../parameter/index.ndx -o npt${i}.tpr -maxwarn 1; done


# 可以交后台
nohup sh -c 'for i in {0..25};do mpirun -np 50 gmx_mpi mdrun -v -deffnm npt${i}; done' &

vsREMD测试

# 1ns test
for a in {1..20};do b=`sed -n "${a}p" ../parameter/temp`; sed "s/300.00/${b}/g" ../parameter/md.mdp > md_mdp/md${a}.mdp; done


for i in {1..20};do gmx_mpi grompp -f md_mdp/md${i}.mdp -c ../npt/npt${i}.gro -p ../parameter/topol.top -n ../parameter/index.ndx -o md${i}.tpr -maxwarn 1; done


nohup mpirun -np 100 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md -multidir md1 md2 md3 md4 md5 md6 md7 md8 md9 md10 md11 md12 md13 md14 md15 md16 md17 md18 md19 md20 -replex 1000 &


#查看任务
1.tail -f nohup.out  
2.jobs
3.vi nohup.out
4.vi md0.log

调整温度参数