2.19 HIV 5sys align to crystal

SMD 初始构象获取

1. 根据复合物初始结构，将其他5个体系的配体align上去
2. 将配体对接

85.23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/ligand/g16/newbpdb/sdf
for i in `cat index`;do obabel -ipdb ../${i}-NEWPDB.pdb -osdf -O ${i}-NEWPDB.sdf;done

23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/complex/5sys-hermite-constrained_dock

gv-check

# 本地 gv
# "HIV 5sys dock CMD"中已经得到了 g16-gv-${i}.pdb 
# 直接将${i}-hermite-CD.sdf 经过去氢，z matrix-standardize，check
# 发现z matrix-standardize和index基本一致，神奇
# 仅有 A038-hermite-CD-nc.pdb 需要检查（nc 意为need check)
# 直接保存为 ${i}-hermite-CD.pdb

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/ligand/gv-check/hermite-CD
dos2unix *
sh gv-check-lig.sh


#### "gv-check-lig.sh" 6L, 207C #############################################################
for i in `cat index`
do
grep -v "CONECT" g16-gv-${i}.pdb |cut -b 1-26 > symbol-${i}
grep -v "CONECT" ${i}-hermite-CD.pdb | sed '1d'|cut -b 29-78 > coordinate-${i}
paste -d " " symbol-${i} coordinate-${i} > lig-${i}.pdb
rm symbol-${i} coordinate-${i}
done
#####################################################################################

tleap

# 23 /home/databank_70t/zzy/project/koff/smd/hiv-1/sys-pre/tleap2


# 加载环境
source ~/zzy/ff19sb.sh
# 自动化流程 tleap
nohup sh tleap.sh


# 参数与"HIV 5sys dock CMD"一致（本质上只是配体的坐标信息不同）


# 该体系是同源二聚体，posre1.itp 注意要手动修改（1-1569）
# 这个修改在下一步执行的服务器上进行（85.9）
85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/sys-pre/tleap2
cp -r ../tleap/posre1/ ./
rm */gmx/posre1.itp
for i in `cat index`;do cp posre1/posre1.itp ./$i/gmx/;done

pre-equilibrium

85.9 /home/data/zzy/koff/smd/hiv-1/pre-equilibrium2


source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh


(base) [chpeng@localhost pre-equilibrium2]$ nohup bash min-nvt-npt.sh &
[1] 55047

# 另外两个体系之前预平衡已完成，直接复制过来
cp -r ../pre-equilibrium/A047/ ./
cp -r ../pre-equilibrium/B409/ .

输入文件

85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd2/ 
for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../sys-pre/tleap2/$i/gmx/topol.top ./$i/gmx.top;done


# 本地可视化检查npt.gro
# 删除 top 文件中 posre2.itp 对应的那几行，posre1改为posre
for i in `cat index`;do vi $i/*top;done
for i in `cat index`;do sed -i 's/posre1/posre/g' $i/gmx.top;done


for i in `cat index`;do cp ../../pre-equilibrium2/$i/npt/*gro ./$i/npt.gro;done

CV

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd2/cv
cp -r ../7sys-npt_top/* ./
####################"get_pkt_3A_atom_index.sh" 8L, 185C #############################
for i in `cat index`
do
cd $i
cpptraj -i ../mask_MOL_3A.in


awk '{print $2}' mol-3A.dat |sed '1d'|sed ":a;N;s/\n/|a/g;ta" |sed 's/^/a/'|sed 's/|a$//' >> ../pkt_3A_atom_index
cd ..
done
#########################  "mask_MOL_3A.in" 4L, 119C ###############################
parm gmx.top
trajin npt.gro
mask "(:199<:3.0)&((!:WAT)&(!:MOL))&(@N,CA,C,O)" maskout mol-3A.dat maskpdb mol-3A.pdb
run
#####################################################################################


sh get_pkt_3A_atom_index.sh
# 得到 pkt_3A_atom_index 包含了每个体系中配体周围3A的原子index，用于设置pull group

SMD-umbrella

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd2/umbrella
source ~/zzy/gmx2024.4-gpu.sh
export OMP_NUM_THREADS=20


# posre.itp 得检查，1569后的原子序号top中不存在，得删去
# index.ndx 中的group名称长度有上限，因此在Index.ndx中将"a_132_a_133_a_134_a_135_a_136_a_137 ...." 这样一大串替换为“pkt_3A_atom_index”
mdp文件里也同步替换pull_group1_name
# 需要设置pbc参考原子，尝试用之前B409体系的pull group CG 1990
pull-group1-pbcatom     = 1990


cp ../../smd/umbrella/* ./
paste ../cv/index ../cv/pkt_3A_atom_index >index
cp -r ../7sys-npt_top/* ./


nohup bash smd.sh &

数据分析

# 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hiv-1/smd2/umbrella/analysis


bash smd-ana.sh