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  • 4.7 阳性化合物MD
    目前文章中，5个体系的结合位点仅有一个体系是有过报道的，这样没什么可说的。 与徐老师讨论后，希望再补充天然产物在已知位点的MD，都使用阳性化合物的结合位点，对接我们的化合物，作为初始构象去跑CMD，看看与D3Docking的结果相比，哪个结合自由能更好。 这样讨论起来，更充分些。也有助于进一步说明原子层面上的相互作用 另一方面，跟徐老师提了一下5个活性成分的入血问题，给徐老师提供了成分信息，去问许
    HSBD 2025-04-07 20:42:45    zhouzhaoyin
  • 4.1 阳性化合物MD
    目前文章中，5个体系的结合位点仅有一个体系是有过报道的，这样没什么可说的。 与徐老师讨论后，希望再补充天然产物在已知位点的MD，都使用阳性化合物的结合位点，对接我们的化合物，作为初始构象去跑CMD，看看与D3Docking的结果相比，哪个结合自由能更好。 这样讨论起来，更充分些。也有助于进一步说明原子层面上的相互作用 另一方面，跟徐老师提了一下5个活性成分的入血问题，给徐老师提供了成分信息，去问许
    HSBD 2025-04-07 20:27:56    zhouzhaoyin
  • FEP
    药物研发必备:FEP工具实战营，助你提升研发效率 - 玻尔 | 全球科学家的 AI for Science 空间站
    share 2025-04-07 09:40:37    zhouzhaoyin
  • 1.15 HSP90-6sys-SMD
    输入文件 85.9 /home/databank/zzy/project/smd/hsp90/comparable-sys/29273709-5Jxx/smd/6sys-npt_top for i in `cat index`;do mkdir -p $i;cp ../../pre-bal/$i/npt/npt.gro ./$i;cp ../../sys-pre/tleap/$i/gmx/to
    MD 2025-04-03 13:48:39    zhouzhaoyin
  • 2025-4-2 SMD
    输入文件 85.9 /home/databank/zzy/people/zyzhu cp ~/zhuziyu/trip13/MDtest/md-operation/pre-equilibration/0168/npt/npt.gro ./ cp ~/zhuziyu/trip13/MDtest/md-operation/sys-pre/tleap/0168-tleap/gmx/topol.to
    people 2025-04-02 12:15:30    zhouzhaoyin
  • 3.20 阳性化合物MD
    PL的阳性对照为GRL0617，复合物晶体结构 PDB：7JRN （分辨率最好） 3CL的阳性对照为Nirmatrelvir，复合物晶体结构 PDB：7VH8 蛋白准备（晶体结构） 85.23 /home/databank_70t/zzy/project/hsbd/active_control/sys-pre/pro/pdb2pqr pdb2pqr30 ../7cmd.pdb
    HSBD 2025-04-01 14:43:17    zhouzhaoyin
  • 轨迹分析 （5sys+2active)
    The results are presented in three parts: (i) the “Dynamic Behavior of Complexes” section, which discusses RMSD and RMSF analyses; (ii) the “Predicted Highly Frequent Residues of Ligand Binding” secti
    HSBD 2025-03-22 14:29:50    zhouzhaoyin
  • 3.21 PLpro disulfide bond
    前期实验中，未检查二硫键，经检查，PLpro是存在二硫键的，且那个位置晶体结构还解不出来 RMSF的结果，200左右氨基酸区域波动大，未考虑二硫键造成的影响很大哇，故全部重新准备体系 蛋白准备 输入文件 # 7cmd体系，缺氨基酸，采用swiss-model根据7cmd同源模建得到蛋白 grep -v HETATM 7cmd_complex.pdb |awk '$5=="A"{print
    HSBD 2025-03-21 19:33:32    zhouzhaoyin