4.7 阳性化合物MD
目前文章中，5个体系的结合位点仅有一个体系是有过报道的，这样没什么可说的。
与徐老师讨论后，希望再补充天然产物在已知位点的MD，都使用阳性化合物的结合位点，对接我们的化合物，作为初始构象去跑CMD，看看与D3Docking的结果相比，哪个结合自由能更好。
这样讨论起来，更充分些。也有助于进一步说明原子层面上的相互作用
另一方面，跟徐老师提了一下5个活性成分的入血问题，给徐老师提供了成分信息，去问许海玉老师，他们是否被确证为HSBD的活性成分。
在等高斯优化结果的时候，我在考虑，干脆调研下目前报道的抑制剂结合位点
轨迹分析
5个体系周期性处理后的体系均已备份在75.2上，75.2已安装gmx2024,amber2024
结合自由能
- 75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/4bioactive-d3dock/analysis/mmgbsa/workdir/count
- 75.2 /home/databank/zyzhou/project/hsbd/known-pkt/cmd_analysis/analysis/mmgbsa/workdir/count
结合实验数据，看能不能解释-不同的结合位点
4.7的任务：检查known-pkt的轨迹，提交轨迹分析任务